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[求助]
NAMD 怎樣計(jì)算膜的疏水性寬度
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向各位大神求助： 我之前查文獻(xiàn)，文獻(xiàn)定義疏水性寬度是指，上下兩層脂質(zhì)膜中磷脂分子上的與磷酸氧相連接的碳原子之間的距離。個(gè)人理解為只要分別計(jì)算出上、下兩層層這些碳原子的質(zhì)心坐標(biāo)，然后根據(jù)這兩個(gè)坐標(biāo)得到向量，從而可以得到目前膜的疏水性寬度。 但是當(dāng)選定單層的磷脂分子，用腳本計(jì)算質(zhì)心時(shí)候出現(xiàn)錯(cuò)誤，錯(cuò)誤提示為bad weight sum。 附上計(jì)算用的腳本，希望得到指點(diǎn)，或者蟲(chóng)友們是否有其他計(jì)算疏水寬度的更好的方法呢？不勝感激不勝感激呀。。。。。 |
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附件沒(méi)傳成功，直接復(fù)制腳本內(nèi)容吧 source bigdcd.tcl set outf [open center.dat w] proc mycenter { frame } { global p1 outf set z1 [lindex [measure center $p1 weight mass] 2] puts $outf "$frame $z1" } set mol [mol new 8pnt_mem_water.psf type psf waitfor all] set p1 [atomselect $mol "lipid and name C1 and z>0"] bigdcd mycenter dcd eq_1.dcd bigdcd_wait #close $outf |
2樓2013-12-03 19:46:00
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