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麥堂straw銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助B-factor值的計(jì)算 已有1人參與
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溫度因子B-factor的概念起源于晶體研究，主要是用來體現(xiàn)晶體中原子構(gòu)象狀態(tài)的一種模糊度，實(shí)際上反映了蛋白質(zhì)分子在晶體中的構(gòu)象狀態(tài)，B-factor越高，模糊度越大，相應(yīng)部位的構(gòu)象就越不穩(wěn)定或柔性越強(qiáng)。在晶體學(xué)數(shù)據(jù)中B-factor一般是以原子為單位給出的，通常我們將其換算成相應(yīng)氨基酸殘基的B-factor值，從而可以分析氨基酸殘基的構(gòu)象穩(wěn)定性或其柔性。 研究發(fā)現(xiàn)將蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中B-factor值較高的氨基酸突變后部分突變體的熱穩(wěn)定性可以得到明顯的提高。 本人研三，正處于畢業(yè)論文撰寫階段，課題做的突變庫(kù)的篩選，已得到一株熱穩(wěn)定性提高的突變株，想在討論里加入一些蛋白三維建模參數(shù)分析，其中一項(xiàng)就包括突變前后氨基酸B-factor值的比較，但查了好多資料說是要用分子動(dòng)力學(xué)軟件可以計(jì)算出來。由于本人對(duì)這方面一竅不通，蛋白建模是直接提交到SWISS-MODEL，只會(huì)用PyMol查看一下結(jié)構(gòu)，對(duì)分子動(dòng)力學(xué)這塊確實(shí)沒有時(shí)間沒有精力再去研究，也木有安裝過任何軟件。無奈到小木蟲上求助各位大俠們，有沒有哪位好心人可以幫我看一下，分析一下氨基酸突變后的參數(shù)？  求趕緊結(jié)束畢業(yè)論文早日完成畢業(yè)大計(jì)啊！先謝過啦~~~~  |
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【答案】應(yīng)助回帖
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