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cg陳鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
分子間的勢(shì)能面掃描
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假定有兩個(gè)分子，分別是A-B 和C-D，二者會(huì)有弱相互作用，我想通過勢(shì)能面掃描得到能量比較低的幾個(gè)構(gòu)型，然后在進(jìn)行幾何優(yōu)化。由于實(shí)際體系原子數(shù)比較多，做柔性掃描我怕等不起，所以打算就做個(gè)剛性掃描，用scan關(guān)鍵詞。 我的思路是：B和C原子之間最可能發(fā)生作用，考慮這個(gè)取向，改變B和C之間距離，例如從2A一直掃到5A，在這個(gè)取向下，這個(gè)距離范圍內(nèi)，找到幾個(gè)能量最低的點(diǎn)。 現(xiàn)在這個(gè)輸入文件該怎么寫呢？ Z-matrix：A-B和C-D A B 1 AB C D 1 CD （直接忽視鍵角和二面角東東） 我不知道怎么寫？ 難道:B B C 2 S 5 0.6 拖到09里，直接掛掉了.... 怎么定義B和C呢？  |
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槍下游魂
木蟲 (著名寫手)
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2樓2013-12-06 20:09:39
cg陳
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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3樓2013-12-07 19:47:34
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