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29050801新蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何重新分配resID
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現(xiàn)在得到的一個分子pdb 一部分如下: ATOM 1 C1 0 X 0 -5.905 0.988 0.608 0.00 0.00 ATOM 2 C2 0 X 0 -6.271 2.176 -0.279 0.00 0.00 ATOM 3 C3 0 X 0 -5.032 3.042 -0.547 0.00 0.00 ATOM 4 C4 0 X 0 -4.380 3.422 0.787 0.00 0.00 ATOM 5 C5 0 X 0 -4.044 2.169 1.594 0.00 0.00 ATOM 6 C6 0 X 0 -3.594 2.547 3.011 0.00 0.00 ATOM 7 C7 0 X 0 -4.416 -3.909 -0.849 0.00 0.00 ATOM 8 C8 0 X 0 -5.253 -3.154 -1.818 0.00 0.00 ATOM 9 C9 0 X 0 -5.108 -1.639 -1.643 0.00 0.00 NAMD計算用到resid ,情問在什么軟件可以鼠標(biāo)改動么? 謝謝! |
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29050801
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1065.5
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- 蟲號: 1765116
- 注冊: 2012-04-19
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- 專業(yè): 生物化學(xué)
3樓2013-12-09 09:55:28
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-08 09:00:45
29050801: 金幣+5, ★★★很有幫助, 感謝! 2013-12-09 09:51:35
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我假設(shè)你的 pdb 文件名為 a.pdb 那么載入VMD mol load pdb a.pdb set sel [atomselect top "serial <=9"] $sel set resid 1 set all [atomselect top all] $all writepdb b.pdb 就這么簡單，1到9 的原子resid 都設(shè)置成了 1 如果你想選取其他的原子，你直接在set sel [atomselect top "serial <=9"] 這條命令中修改你的選擇即可 |
2樓2013-12-07 22:11:33
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