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xxgsemail新蟲 (小有名氣)
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[求助]
PAML branch-site 模型
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利用PAML軟件作基因正選擇分析，選取四個(gè)物種ABCD，A作為前景枝，用branch-site模型，看看A種的基因組中有哪些基因收到正選擇。 但是有幾個(gè)問題還想請(qǐng)教各位高人 （1）PAML的輸入文件要求候選物種的某種基因核酸序列要一一對(duì)應(yīng)，那如何利用這四個(gè)物種的基因組篩選出共有的基因進(jìn)行一一對(duì)應(yīng)？篩選共有基因用什么軟件，篩選標(biāo)準(zhǔn)是什么？把基因進(jìn)行一一對(duì)應(yīng)一般用什么軟件？ （2）在branch-site模型中，有modelA（model=2 NS=2） modelB（model=2 NS=3） 之分，一般用哪個(gè)，有什么異同呢？ （3）在PAML的輸出文件中如何認(rèn)定該前景枝的基因是受到正選擇呢？ 謝謝謝~~ |
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