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jaxb銀蟲 (正式寫手)
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[交流]
基于計(jì)算和芯片技術(shù)檢測家兔microRNAs
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MicroRNAs（miRNAs）是19-25nt長度的非編碼小RNA,其在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)劑基因表達(dá)從而調(diào)控復(fù)雜的生物學(xué)過程。目前在人類、小鼠、雞等物種上miRNAs的研究已經(jīng)獲得較大的進(jìn)展，然而在家兔上研究的還很少。2010年，Guiming Liu等通過比較miRNAs數(shù)據(jù)庫miRBase和兔子基因組，然后用表達(dá)芯片和RT-PCR實(shí)驗(yàn)方法驗(yàn)證，在兔子基因組確認(rèn)了266個(gè)基因編碼的274個(gè)miRNAs。這其中有49個(gè)是miRNA-miRNA-star，24個(gè)與轉(zhuǎn)座元件（TEs）重疊。這些miRNAs大部分都是起源于原始祖先，因此和其它哺乳動(dòng)物miRNAs間存在很大的保守性。當(dāng)然也有一些miRNAs是種間特意的。比如一些重復(fù)或者缺失型的miRNAs，就是由于進(jìn)化過程中基因組隨機(jī)重復(fù)和隨機(jī)突變產(chǎn)生的。我們基于芯片和RT-PCR以及靶標(biāo)預(yù)測分析，發(fā)現(xiàn)在大腦、脾臟、肌肉、心臟和卵巢特異性表達(dá)的miRNAs,在一些GO分類中呈顯著，因此認(rèn)為這些miRNAs的靶基因可能在信號(hào)傳導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。 交流： 1，microRNA的長度有各種說法，比如，19-25、19~23、21~23等，不知道那個(gè)說法更加準(zhǔn)確。 2，本文預(yù)測miRNAs時(shí)就是將miRbase數(shù)據(jù)比對(duì)到兔子基因組上，比對(duì)上且?guī)讉�(gè)限制條件的就作為候選miRNAs。好像挺簡單的，不知道這個(gè)理解對(duì)不對(duì)？ 參考文獻(xiàn)：Liu G, Fang Y, Zhang H, Li Y, Li X, Yu J, Wang X. Computational identification and microarray-based validation of microRNAs in Oryctolagus cuniculus. Mol Biol Rep, 2010, 37(7):3575-81. [ Last edited by jaxb on 2013-12-13 at 21:12 ] |
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