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dreamfly_ykf木蟲 (正式寫手)
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[求助]
模擬中的密度計算 已有1人參與
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在分子模擬中一般可以計算得到某個分子沿著z軸的密度分布，我看到有的文獻(xiàn)給出的直接是密度值，例如水和冰混合層中計算得到沿著z軸的密度，一邊是1一邊是0.94. 這是如何實現(xiàn)呢，求教高手給個思路，比如公式之類的。 |
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tim562944200
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| 求密度沿著某方向的分布，可以將模擬盒在此方向上劃分切片，統(tǒng)計每一切片當(dāng)中的分子數(shù)密度或是質(zhì)量密度，在LAMMPS中參考fix ave/spatial command來計算density/number, density/mass 就可以實現(xiàn) |
2樓2013-12-17 20:04:13
dreamfly_ykf
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LAMMPS中切片厚度并不是根據(jù)分子或原子數(shù)確定，是根據(jù)需要自己確定切片的厚度，從而決定劃分切片的數(shù)量，也就是最后統(tǒng)計樣本點的數(shù)量。 例如沿著Z方向切片，如果Z方向模擬盒長度為100nm,你設(shè)定切片厚度delta=1nm,lammps執(zhí)行到這個命令時會自動分成100個切片，如果你設(shè)定delta=2nm，則會分成50個切片。分成切片之后fix ave/spatial 可以計算各個切片中的密度 應(yīng)力 壓強(qiáng)等很多性質(zhì)。 當(dāng)然這只是最簡單一種設(shè)定，還有很多其他的設(shè)置建議仔細(xì)參考lammps手冊中fix ave/spatial command的介紹。 |
4樓2013-12-18 13:42:56
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