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xueyiran2007銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
MS分子建模求助 已有3人參與
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請(qǐng)各位高人指點(diǎn)，利用ms建模遇到困難，現(xiàn)在都快崩潰了 1. 如何建立球面或弧面模型？ 我的模型中需要建立弧面，我試了一個(gè)星期，始終沒(méi)找到那個(gè)模塊可以建立弧面 2. 如何將液體分子放到表面上？ 我要模擬液體在金屬表面的現(xiàn)象，如何將建好的液體模型放到金屬表面上？ 我用Amorphous cell模塊建立液體模型，再用adsorption模塊將其添加到金屬表面時(shí)，提示液體模型是周期性的，需要非周期性才能添加上去， 這個(gè)怎么解決？ 請(qǐng)各位大神幫小弟一把！菜鳥初學(xué)。 |
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pigrass
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1、建立什么的弧面模型？最好是畫出示意圖 如果是模擬液體在不規(guī)則金屬表面的吸附，你覺得在納米尺度上，區(qū)分弧面和平面有意義嗎？圓周長(zhǎng)的一種計(jì)算就是無(wú)限細(xì)分以直線近似 2、參考創(chuàng)騰初級(jí)教程，CO在Pd100的吸附和聚合物在金屬氧化物表面的相互作用 |
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xueyiran20072樓2013-12-19 09:33:47
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液滴模型需要編程才能構(gòu)建, 手動(dòng)做累死人 去掉周期性就是了 |
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3樓2013-12-19 11:07:38
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7樓2013-12-20 07:15:25
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這樣的弧面……在MS里估計(jì)只能手動(dòng)添加原子了，一個(gè)個(gè)加組成弧面…… 8樓2013-12-20 09:15:52
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如果只是圖示的弧面還是很容易建模的，先建立一個(gè)長(zhǎng)方體，在Atom Selection 里面選Radial Distance,設(shè)定好位置，半徑，就基本可以將不需要的那些原子選定了，刪除就好了，當(dāng)面這樣的面是球和長(zhǎng)方體的交叉面，還需要手動(dòng)的進(jìn)行一些處理。 當(dāng)然也可以直接用perl腳本處理一下，這個(gè)也比較簡(jiǎn)單 |
9樓2013-12-20 09:51:31
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10樓2013-12-21 08:27:52
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