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29050801新蟲 (小有名氣)
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[求助]
NAMD平衡過程分子溢出周期水環(huán)境 已有2人參與
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在15埃厚度的周期性水環(huán)境中運行環(huán)糊精的動力學(xué)平衡 運行過程環(huán)糊精在水盒子當(dāng)中的位置不穩(wěn)定，運行1ns的后半部分，有環(huán)糊精的部分結(jié)構(gòu)溢出的現(xiàn)象發(fā)生。 詢問了一些做過Gromacs的師兄，給出的建議是設(shè)置重原子的約束力。但是依然不太明白是什么意思。 這個和固定原子的方法有什么區(qū)別么？ 謝謝！ |
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2樓2013-12-21 10:12:59
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3樓2013-12-21 12:30:36
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NAMD的郵件列表也有類似的問題 其中一個談到的和樓上的回復(fù)一個意思 ---- If you use the default thermostat and PME electrostatics, there is not much you can do to prevent your protein from diffusing (partly) out of the unit cell over long simulation times. The physics happening in your simulation is of course unaffected. Well, actually, you *could* add position restraints, but you had better not. ---- 地址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2004-2005/1390.html |
4樓2013-12-21 14:54:40
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5樓2013-12-21 21:25:28
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6樓2013-12-21 22:12:27
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8樓2013-12-22 11:21:36
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9樓2013-12-25 08:14:53
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10樓2013-12-25 08:16:29
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