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分子動力學(xué)模擬的升溫跑4PS這樣可以么？平衡步驟有大概要跑多久呢？ 已有3人參與
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新手第一次用DS模擬，是分布跑的。 目標(biāo)溫度是300K. 不會截圖啊啊啊啊。 溫度曲線是在3.5PS左右達(dá)到300K，能量曲線也是同一時間呈直線狀。 這樣4Ps的時間會夠不？ 在之后的平衡一般要跑多久？能量穩(wěn)定在多少波動算平衡？  好著急啊。 |
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iovvoi
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2樓2013-12-21 18:46:05
謝謝你的回答~明白了那么一點。 3樓2013-12-22 13:57:21
voleyes
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4樓2013-12-22 18:41:45
5樓2013-12-23 12:07:37
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6樓2013-12-23 16:02:20
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
=神神=: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-12-24 14:31:10
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
=神神=: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-12-24 14:31:10
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一般來講 1、對于平衡過程，如果你不設(shè)定 SHAKE constraint 為 true 的話，默認(rèn)步長應(yīng)該是0.001 ps 這樣4 ps 就是4000 steps ，至于DS 4.0 時間的設(shè)定，根據(jù)體系來看，一般 3-5 ps 就夠了吧，主要是平衡升溫過程帶來的不合理結(jié)構(gòu)，不需要很久~ 2、對于升溫過程，這個時間長點會好些，但也不必要太長只需要保證升溫速度不超過 100K/ps 就可以了，其實這些都沒有一定的值，別太離譜就行- -！~ 3、對于收斂條件，能量波動到多少就可以進(jìn)行下一步，額這個不需要徹底平衡吧，反正在DS 2.5 中沒看到這個參數(shù)，沒有嚴(yán)格要求應(yīng)該，而且你開始采樣正式跑動力學(xué)的時候自動會趨于平衡~ |
7樓2013-12-23 16:21:44
8樓2013-12-24 14:30:55
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