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漠梓

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[求助] 本人的CIF check出來很多問題，求大神庇佑已有1人參與

小弟最近在投一篇文章，編輯要求看晶體的checkcif文件，小弟在checkcif網(wǎng)站上檢查了一下發(fā)現(xiàn)以下錯誤
Alert level A
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D    H1B ..  H2A    ..    1.48 Ang.
And 2 other PLAT417 Alerts
Less ...
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D    H2B ..  H5A    ..    1.38 Ang.
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D    H3C ..  H4B    ..    1.09 Ang.

PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .       350 Ang3
Alert level B
CHEMW01_ALERT_1_B  The ratio of given/expected molecular weight as calculated
         from the _chemical_formula_sum lies outside
         the range 0.95 <> 1.05
         Calculated formula weight = 527.4510
         Formula weight given    = 498.4100
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D    H2B ..  H5C    ..    2.04 Ang.
小弟晶體精修只是幾乎為零，不知類似錯誤該如何解決，求大神們不吝賜教

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1樓 2013-12-25 16:16:44

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

417 是由于氫的取向有問題
601 意思是你的結(jié)構(gòu)中可能還有未解完全的組分，如溶劑，這個需要再解解。

建議等你把601處理完再處理別的錯誤吧

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2樓2013-12-25 16:44:36

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

3樓: Originally posted by 漠梓 at 2013-12-25 16:57:22
這個是我們實驗室往年發(fā)表過的晶體，現(xiàn)在沒法再解了，我是根據(jù)CCDC號，從CCDC上下載下來的，沒想到這么多AB類錯誤...

那601錯誤就的用platon把空間擠掉

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4樓2013-12-25 19:39:54

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 546672286 at 2013-12-25 16:44:36
417 是由于氫的取向有問題
601 意思是你的結(jié)構(gòu)中可能還有未解完全的組分，如溶劑，這個需要再解解。

建議等你把601處理完再處理別的錯誤吧

這個是我們實驗室往年發(fā)表過的晶體，現(xiàn)在沒法再解了，我是根據(jù)CCDC號，從CCDC上下載下來的，沒想到這么多AB類錯誤

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3樓2013-12-25 16:57:22

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4樓: Originally posted by 546672286 at 2013-12-25 19:39:54
那601錯誤就的用platon把空間擠掉...

親，您能幫我弄弄么我把cif給你，

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5樓2013-12-25 19:52:33

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
漠梓(lijunjie84代發(fā)): 金幣+2, 感謝參與！ 2014-01-12 15:29:21
lijunjie84: 回帖置頂 2014-01-12 15:29:23

引用回帖:

5樓: Originally posted by 漠梓 at 2013-12-25 19:52:33
親，您能幫我弄弄么我把cif給你，...

platon 做squeeze后，要把 sqz文件的loop_
_platon_squeeze_void_nr
_platon_squeeze_void_average_x
_platon_squeeze_void_average_y
_platon_squeeze_void_average_z
_platon_squeeze_void_volume
_platon_squeeze_void_count_electrons
_platon_squeeze_void_content
1 -0.107 0.500 0.569 1136 334 ' '
_platon_squeeze_details
貼到這段下面即可不要空行，不要留空格，以“；”標號結(jié)尾
_refine_special_details
;
Refinement of F^2^ against ALL reflections. The weighted R-factor wR and
goodness of fit S are based on F^2^, conventional R-factors R are based
on F, with F set to zero for negative F^2^. The threshold expression of
F^2^ > 2sigma(F^2^) is used only for calculating R-factors(gt) etc. and is
not relevant to the choice of reflections for refinement. R-factors based
on F^2^ are statistically about twice as large as those based on F, and R-
factors based on ALL data will be even larger.

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6樓2013-12-26 19:43:41

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5樓: Originally posted by 漠梓 at 2013-12-25 19:52:33
親，您能幫我弄弄么我把cif給你，...

朋友按照這個弄就好了

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7樓2013-12-26 19:44:02

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7樓: Originally posted by 546672286 at 2013-12-26 19:44:02
朋友按照這個弄就好了...

大神幫個忙吧，我木有你說的那個platon軟件啊，我也不會那個操作，幫個忙吧

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8樓2013-12-30 09:29:59

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8樓: Originally posted by 漠梓 at 2013-12-30 09:29:59
大神幫個忙吧，我木有你說的那個platon軟件啊，我也不會那個操作，幫個忙吧...

最近比較忙，發(fā)過來我試試

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9樓2013-12-30 11:34:49

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10樓2013-12-30 14:21:49

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