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解子林新蟲 (小有名氣)
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[求助]
使用berendsen方法控溫控壓問題 已有1人參與
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在使用berendsen對含水的MOF進(jìn)行控溫控壓模擬時，同樣的fix條件，不同的含水量有的可以跑，有的出現(xiàn)溫度升高，體系分解的狀況，哪位大神幫忙給點(diǎn)建議！以下是我的in文件： # ReaxFF potential for MOF units real boundary p p p atom_style charge read_data data.IRMOF1+16H2O-BER.txt mass 1 12.0107 #苯環(huán)上的C mass 2 12.0107 #羧基C mass 3 1.00794 #苯環(huán)上的H mass 4 15.9994 #中心O mass 5 15.9994 #橋O mass 6 65.38 #Zn mass 7 15.9994 #水中的O mass 8 1.00794 #水中的H pair_style reax 6.0 1 1 1.0e-6 pair_coeff * * ffield.reax 1 1 2 3 3 4 3 2 compute reax all pair reax variable eb equal c_reax[1] variable ea equal c_reax[2] variable elp equal c_reax[3] variable emol equal c_reax[4] variable ev equal c_reax[5] variable epen equal c_reax[6] variable ecoa equal c_reax[7] variable ehb equal c_reax[8] variable et equal c_reax[9] variable eco equal c_reax[10] variable ew equal c_reax[11] variable ep equal c_reax[12] variable efi equal c_reax[13] variable eqeq equal c_reax[14] neighbor 2.5 bin neigh_modify every 10 delay 0 check no group IRMOF1 type 1 2 3 4 5 6 group water type 7 8 #minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000 velocity all create 300.0 825577 dist gaussian units box fix 1 all reax/bonds 1000 bonds.reax fix 2 all nve fix 4 all temp/berendsen 300.0 300.0 10.0 fix 6 all press/berendsen iso 1.0 1.0 1000.0 modulus 1.0e6 run_style verlet dump 1 all custom 1000 trj.IRMOF1+20water-1 id type q x y z #dump_modify 1 scale no dump_modify 1 sort 1 restart 100 restart1 restart2 thermo 1000 thermo_style custom step cpu temp evdwl ecoul epair etotal press vol enthalpy & v_eb v_ea v_elp v_emol v_ev v_epen v_ecoa v_ehb & v_et v_eco v_ew v_ep v_efi v_eqeq thermo_modify flush yes timestep 1 run 2000000 |
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2樓2014-01-05 22:18:22
解子林
新蟲 (小有名氣)
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3樓2014-01-06 09:22:49
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵交流! 2014-01-06 11:25:25
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4樓2014-01-06 10:08:25
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