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孫遠(yuǎn)慧

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[求助] VASP優(yōu)化幾何時(shí)，ISIF=3時(shí)，如何只改變晶格，而不改變位矢方向. 已有2人參與

各位大神，我在ms建了一個(gè)立方晶系，之后用ISIF=2優(yōu)化幾何，發(fā)現(xiàn)OUTCAR里面的FORCE on cell下面的YY的值并不是負(fù)值，而是正的11點(diǎn)多（圖一）。之后試了ISIF=3優(yōu)化幾何發(fā)現(xiàn)YY降到負(fù)的了。但是伴隨產(chǎn)生的另一個(gè)新問(wèn)題就是CONTCAR的坐標(biāo)發(fā)生變化，如圖（圖二、三）所示。有沒(méi)有人知道設(shè)置什么參數(shù)，可以只改變a,b,c的長(zhǎng)度，而不改變各個(gè)位矢的夾角，就是原來(lái)是零的位置優(yōu)化完之后還是零，但是可以改變晶胞的三個(gè)邊長(zhǎng)。希望各位大神指教��！

1.jpg

VASP優(yōu)化幾何時(shí)，ISIF=3時(shí)，如何只改變晶格，而不改變位矢方向.-1

2.jpg

VASP優(yōu)化幾何時(shí)，ISIF=3時(shí)，如何只改變晶格，而不改變位矢方向.-2

3.jpg

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1樓 2014-01-09 09:27:32

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引用回帖:

8樓: Originally posted by 奔跑的爺們 at 2014-01-10 13:04:40
真抱歉，我今天看到您的帖子里的圖片了，發(fā)現(xiàn)您的問(wèn)題我不會(huì)，上次的回答是錯(cuò)誤的，非常抱歉

哈哈，沒(méi)事沒(méi)事，還是多謝幫忙哈～

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9樓2014-01-10 16:30:02

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kjsun

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sunyang1988: 金幣+2, 謝謝交流 2014-01-17 13:52:49

vasp 書(shū)上的例子稍微變通一下就能滿足你的要求。
對(duì)比vasp的例子，仔細(xì)看下面的變化

rm WAVECAR
for i in 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1
do
cat >POSCAR <<!
fcc:
1
$i 0.0 0.0
0.0 3.7 0.0
0.0 0.0 3.7
1
cartesian
0 0 0
!
echo "a= $i" ; vamp
E=`tail -1 OSZICAR` ; echo $i $E >>SUMMARY.fcc
done
cat SUMMARY.fcc

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11樓2014-01-17 09:16:31

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
孫遠(yuǎn)慧: 金幣+2, ★有幫助 2014-01-10 09:28:04
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2014-01-10 11:17:24

我這里網(wǎng)有點(diǎn)問(wèn)題，看不到你的圖片，但是我想正的11點(diǎn)多，是因?yàn)槟愕恼婵諏尤〉氖?2A，11點(diǎn)多是因?yàn)槟Ｐ偷闹芷谛詫?dǎo)致的，并沒(méi)有問(wèn)題

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這家伙太懶了，什么都沒(méi)有填……

2樓2014-01-09 11:24:36

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2樓: Originally posted by 奔跑的爺們 at 2014-01-09 11:24:36
我這里網(wǎng)有點(diǎn)問(wèn)題，看不到你的圖片，但是我想正的11點(diǎn)多，是因?yàn)槟愕恼婵諏尤〉氖?2A，11點(diǎn)多是因?yàn)槟Ｐ偷闹芷谛詫?dǎo)致的，并沒(méi)有問(wèn)題

現(xiàn)在呢？第一張圖就是FORCE  on cell 里面YY豎行和 in total橫行對(duì)應(yīng)的值是11點(diǎn)多，第二張到第三張的是
——————————————————————————
20.000000000 0.000000000 0.000000000
0.000000000  45.000000000 0.000000000
0.000000000 0.000000000 7.571900000
——————————————————————————
變成圖三
——————————————————————————
19.1459010205  -0.007219492  0.0378856652
-0.0141628126 45.608278082  0.0187786055
0.01463468126  0.031684302  7.5643364137
——————————————————————————
我想讓圖二中20 45 7.5719這三個(gè)數(shù)據(jù)變化，而原來(lái)是零的不變化，該添加什么參數(shù)啊？

VASP優(yōu)化幾何時(shí)，ISIF=3時(shí)，如何只改變晶格，而不改變位矢方向.-3

2014-01-09_11-59-19.jpg

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3樓2014-01-09 12:09:31

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我試過(guò)真空層到30A的都沒(méi)什么效果，應(yīng)該不是這個(gè)問(wèn)題。

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4樓2014-01-09 12:11:48

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
孫遠(yuǎn)慧: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-01-10 09:28:20
sunyang1988: 金幣+2, 謝謝交流 2014-01-10 11:17:44

如果你看過(guò)vasp的源程序，就知道如果不改源程序的話，是不可能只改變邊長(zhǎng)，不改變角度的。原因是ISIF=3相對(duì)于ISIF=0，是將晶格參數(shù)的9個(gè)變量作為和原子坐標(biāo)一樣的參數(shù)并列，然后優(yōu)化。也就是他們和原子坐標(biāo)等同，這樣他就有額外的9個(gè)獨(dú)立的自由度。你要的是限制某些自由度（角度），vasp里面是沒(méi)有類(lèi)似的限制的。
解決辦法，
1 （推薦）. 如果想只改變邊長(zhǎng)不改變角度，最好的辦法應(yīng)該是寫(xiě)個(gè)小腳本，腳本的寫(xiě)法看vasp手冊(cè)最后。
2. （不推薦），改變?cè)闯绦颍业侥愕挠玫乃惴遣糠志褪荌BRION=1or 2or3 對(duì)應(yīng)的腳本部分，加入你的限制條件，重新編譯。

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5樓2014-01-09 12:26:26

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5樓: Originally posted by kjsun at 2014-01-09 12:26:26
如果你看過(guò)vasp的源程序，就知道如果不改源程序的話，是不可能只改變邊長(zhǎng)，不改變角度的。原因是ISIF=3相對(duì)于ISIF=0，是將晶格參數(shù)的9個(gè)變量作為和原子坐標(biāo)一樣的參數(shù)并列，然后優(yōu)化。也就是他們和原子坐標(biāo)等同，這 ...

是110頁(yè)那個(gè)嗎？腳本能控制在計(jì)算過(guò)程中只改變20 45 7.5719這三個(gè)值的大小，而不改變其余六個(gè)的值嗎？不需要成比例變化，我只要保證還是原來(lái)的立方晶系就行。能不能麻煩你給我發(fā)一個(gè)滿足要求的腳本，或者告訴我在書(shū)上多少頁(yè)？syh5852767@163.com，謝了。。

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6樓2014-01-10 10:40:25

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6樓: Originally posted by 孫遠(yuǎn)慧 at 2014-01-10 10:40:25
是110頁(yè)那個(gè)嗎？腳本能控制在計(jì)算過(guò)程中只改變20 45 7.5719這三個(gè)值的大小，而不改變其余六個(gè)的值嗎？不需要成比例變化，我只要保證還是原來(lái)的立方晶系就行。能不能麻煩你給我發(fā)一個(gè)滿足要求的腳本，或者告訴我在書(shū) ...

現(xiàn)在有網(wǎng)絡(luò)，我好久不看書(shū)了，不知道多少頁(yè)。
腳本參照這個(gè)例子
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/guide/node174.html

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7樓2014-01-10 12:09:15

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7樓: Originally posted by kjsun at 2014-01-10 12:09:15
現(xiàn)在有網(wǎng)絡(luò)，我好久不看書(shū)了，不知道多少頁(yè)。
腳本參照這個(gè)例子
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/guide/node174.html...

這個(gè)是讓abc按比例變化的，而且是在計(jì)算之前就變化好坐標(biāo)。我想要的是初試設(shè)定好坐標(biāo)之后，在計(jì)算過(guò)程中改變abc的值（不管是不是按比例都行），而其余六個(gè)量不變?nèi)詾榱�。�?qǐng)問(wèn)還有沒(méi)有別的辦法了？方法二是不是可以？

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10樓2014-01-16 22:05:48

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