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laisforever銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
引物設(shè)計(jì) 已有4人參與
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小妹現(xiàn)在在做質(zhì)粒構(gòu)建方向，現(xiàn)在涉及引物序列的問(wèn)題，引物要求有引物+酶切位點(diǎn)+無(wú)用序列， 我就想問(wèn)一下無(wú)用序列，它代表什么，是統(tǒng)一的嗎？希望大蝦指導(dǎo)一下  |
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| 你說(shuō)的無(wú)用序列是保護(hù)堿基吧，保護(hù)堿基一般是三個(gè)以上，以保證PCR產(chǎn)物酶切的正常進(jìn)行，具體沒(méi)有特定的序列要求，但要保證不能與引物其他位置形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)。也有人做了不同酶切位點(diǎn)的保護(hù)堿基表，這個(gè)網(wǎng)上可以下載，希望對(duì)你有所幫助。 |
2樓2014-01-09 15:41:57
lihe131
至尊木蟲 (文壇精英)
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無(wú)用序列就是保護(hù)堿基，雙鏈DNA末端不是良好的雙螺旋結(jié)構(gòu)，多少會(huì)散開一點(diǎn)。設(shè)計(jì)保護(hù)堿基是為了使酶切位點(diǎn)處于DNA靠里一點(diǎn)的位置而形成好一點(diǎn)的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)，進(jìn)而提高酶切效率。 如果不設(shè)計(jì)保護(hù)堿基，酶切效率會(huì)降低，有時(shí)甚至切不開。 至于用什么樣的保護(hù)堿基，要看你用什么樣的酶切位點(diǎn)。不同的酶切位點(diǎn)用不同的保護(hù)堿基，網(wǎng)上都能下到的。 |
3樓2014-01-09 15:45:15
lvbobo823
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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laisforever: 金幣+2, ★★★很有幫助, 保護(hù)堿基的前后必須是相匹配的嗎？就像AGT-酶切位點(diǎn)-ACT，要這樣嘛，還是前后可以隨意 2014-01-10 13:05:58
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laisforever: 金幣+2, ★★★很有幫助, 保護(hù)堿基的前后必須是相匹配的嗎？就像AGT-酶切位點(diǎn)-ACT，要這樣嘛，還是前后可以隨意 2014-01-10 13:05:58
| 你所謂的無(wú)用堿基可能是保護(hù)堿基，為了保證內(nèi)切酶正常切割所加的序列，設(shè)計(jì)一般沒(méi)有太嚴(yán)格要求，我們實(shí)驗(yàn)室一般根據(jù)GC含量加上5個(gè)堿基。有人也試過(guò)不加，效果也可以。 |
4樓2014-01-09 16:10:52
liushicai226
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5樓2014-01-10 10:22:59
liushicai226
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無(wú)用序列是是保護(hù)堿基，大多數(shù)限制酶對(duì)裸露的酶切位點(diǎn)不能切斷，必須在酶切位點(diǎn)旁邊加上一個(gè)至幾個(gè)保護(hù)堿基，才能使所定的限制酶對(duì)其識(shí)別位點(diǎn)進(jìn)行有效切斷，具體什么樣的酶切位點(diǎn)加什么堿基，這有個(gè)酶切位點(diǎn)保護(hù)堿基表，可以參考一下。 祝實(shí)驗(yàn)順利！ |
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2014-01-10 10:25:35, 44 K
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laisforever6樓2014-01-10 10:25:46
laisforever
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8樓2014-01-10 17:27:34
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