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請(qǐng)教RNAseq前期樣品的配置 已有1人參與
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最近要做一種植物關(guān)于鹽的脅迫的轉(zhuǎn)錄組，包括其不同耐性品種的篩選，實(shí)驗(yàn)是水培的 請(qǐng)教： 1.取樣的時(shí)期應(yīng)該怎么選擇，是不是苗越小越好，只要取樣的量能夠滿足就行 2.怎么確定取樣的部位，地上還是地下部分，是不是找到應(yīng)激反映最強(qiáng)烈的組織，做根部的可以么 3.怎么在鹽的濃度梯度中選擇測(cè)序需要的處理組，不同品種是不是應(yīng)該選擇相同的處理濃度，或者有什么指標(biāo)之類的 4.處理的時(shí)間怎么選，是等性狀表現(xiàn)了巨大的差異再提RNA還是短時(shí)間處理就可以取樣了 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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ysx0226(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-04-02 08:28:42
ysx0226(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-04-02 08:28:42
| 取樣時(shí)期最好是能夠包括植物生長(zhǎng)發(fā)育的各個(gè)時(shí)期最好而不是越小越好，因?yàn)橛酌鐣r(shí)期可能植物的一些基因都還沒有表達(dá)，最好是根莖葉不同時(shí)期的都有，你處理的鹽濃度肯定各個(gè)組中應(yīng)該是一致的不然后期怎么作對(duì)比，我覺得植物對(duì)鹽脅迫應(yīng)該是有一個(gè)響應(yīng)的過程吧，所以肯定不能處理完很快就取樣，最起碼看出有些差異時(shí)候在取樣這樣后期的結(jié)果應(yīng)該會(huì)更好一點(diǎn)~~ |
2樓2014-04-02 08:12:27
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