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陳鬧鐘金蟲 (初入文壇)
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[求助]
AMBER跑MD想同時加多個restraint,碰到的問題？ 已有1人參與
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我在用AMBER跑MD，想加多個restraint,請問有人知道怎么加嗎？我做的輸入文件如下： 我按照我這個輸入文件加restraint，我看輸出的out文件，系統(tǒng)只認(rèn)最后一行的restraint，沒有前幾行的restraint。謝謝！ input file: &cntrl imin = 0, irest = 1, ntx = 7, ntb = 2, pres0 = 1.0, ntp = 1, taup = 2.0, cut = 12.0, ntr = 1, ntc = 2, ntf = 2, tempi = 300.0, temp0 = 300.0, ntt = 3, gamma_ln = 1.0, nstlim = 250000, dt = 0.002, ntpr = 1000, ntwx = 1000, ntwr = 1000, restraintmask = '(:62 >@10.0) & !@H=' restraint_wt = 12.0 restraintmask = '((:62 >@9.0) & (:62 <@10.0)) & !@H=' restraint_wt = 10.0 restraintmask = '((:62 >@8.0) & (:62 <@9.0)) & !@H=' restraint_wt = 8.0 restraintmask = '((:62 >@7.0) & (:62 <@8.0)) & !@H=' restraint_wt = 6.0 restraintmask = '((:62 >@6.0) & (:62 <@7.0)) & !@H=' restraint_wt = 4.0 restraintmask = '((:62 >@5.0) & (:62 <@6.0)) & !@H=' restraint_wt = 2.0, / Hold the 8HQ fixed 0.0 RES 1 225 END END |
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陳鬧鐘
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 894.5
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- 注冊: 2013-03-07
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2014-01-18 00:08:39
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3樓2014-01-18 10:28:24
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