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fuzhenghaha

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 基因表達(dá)調(diào)控與表觀遺傳學(xué)

[求助] Blast對比miRNA序列的錯配性問題

本人是初學(xué)者�？吹侥暇┐髮W(xué)張辰宇教授的論文，關(guān)于植物miRNA在動物內(nèi)的跨界調(diào)控，對這方面有點興趣。
我的思路是，將植物的miRNA序列與動物的mRNA進(jìn)行互補(bǔ)匹配。老師建議我將miRNA序列先轉(zhuǎn)化為匹配的序列
比如：MIR168a UCGCUUGGUGCAGAUCGGGAC
匹配序列 AGCGAACCACGTCTAGCCCTG
按道理miRNA是與mRNA互補(bǔ)配對導(dǎo)致基因沉默，因此miRNA的匹配序列應(yīng)該是和對應(yīng)的mRNA相同或者相似的

所以我就利用NCBI在線的BLAST工具，將匹配序列 AGCGAACCACGTCTAGCCCTG 輸入到

，然后點Blast與人的mRNA進(jìn)行匹配，結(jié)果發(fā)現(xiàn)結(jié)果都沒有錯配情況，
也就是說比如 AGCGAACCACG T CTAGCCCTG
                     AGCGAACCACG G CTAGCCCTG
      上面是我輸入的序列，下面是尋找到的序列，按道理這個相似度很高了只有空格地方的T和G不同，但是結(jié)果并不這么顯示，結(jié)果允許錯配
因此，  結(jié)果只會顯示AGCGAACCACG
                              AGCGAACCACG  錯配處就不顯示了，且后面的序列也不顯示了，這樣的話，就會導(dǎo)致結(jié)果很不準(zhǔn)確，本來這個目標(biāo)序列得分應(yīng)該很高，但卻由于錯配了一個僅僅顯示了一部分片段

，我也不知道在NCBI在線的BLAST工具在哪兒能調(diào)錯配個數(shù)，求各位大神

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