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求教Cobra工具箱中采用MOMA進(jìn)行單反應(yīng)敲除的使用方法
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如題，最近用Matlab中的Cobra工具箱進(jìn)行單個(gè)反應(yīng)的的敲除模擬，發(fā)現(xiàn)單反應(yīng)的敲除模擬函數(shù)中可以使用MOMA方法，但是一直不能正確使用，求教各位大俠�。。蝹�(gè)反應(yīng)敲除的MOMA模擬我會(huì)做，關(guān)鍵是如何對(duì)模型的每個(gè)反應(yīng)都進(jìn)行單反應(yīng)敲除的MOMA模擬，我運(yùn)行后的結(jié)果如下： 運(yùn)行函數(shù)為：[grRatio,grRateKO,grRateWT,hasEffect,delRxn,fluxSolution] = singleRxnDeletion(model，MOMA) 運(yùn)行結(jié)果為： ??? Input argument "modelWT" is undefined. Error in ==> MOMA at 106 [nMets1,nRxns1] = size(modelWT.S); 求教各位，我如何定義"modelWT" ？？？？？？ 單反應(yīng)的敲除模擬函數(shù)如下： function [grRatio,grRateKO,grRateWT,hasEffect,delRxn,fluxSolution] = singleRxnDeletion(model,method,rxnList,verbFlag) %singleRxnDeletion Performs single reaction deletion analysis using FBA, %MOMA or linearMOMA % %INPUT % model COBRA model structure including reaction names % %OPTIONAL INPUTS % method Either 'FBA', 'MOMA', or 'lMOMA' (Default = 'FBA') % rxnList List of reactions to be deleted (Default = all reactions) % verbFlag Verbose output (Default = false) % %OUTPUTS % grRatio Computed growth rate ratio between deletion strain and wild type % grRateKO Deletion strain growth rates (1/h) % grRateWT Wild type growth rate (1/h) % hasEffect Does a reaction deletion affect anything % delRxn Deleted reacction % fluxSolution FBA/MOMA/lMOMA fluxes for KO strains % % Richard Que 12/04/2009 % Based on singleGeneDeletion.m written by Markus Herrgard |
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2樓2015-04-29 14:04:10
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3樓2017-02-22 15:24:46
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