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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 專家會診 » pull命令
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pull命令 已有2人參與
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做了好多都不太成功。我想讓離子恒速不恒力通過離子通道。每次都停在質(zhì)心。請問有什么參數(shù)設(shè)置可以令離子不在質(zhì)心停留？？ [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵交流 2014-01-23 23:40:45
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵交流 2014-01-23 23:40:45
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1、你不把你的 mdp文件貼出來，你讓大家去猜你怎么設(shè)置的嗎？ 2、好吧我猜一下，肯定是沒有設(shè)置好MPD文件里的參數(shù)。 3、貼一段我用過的 ; Pull code pull = umbrella pull_geometry = direction ;你把你的這個選項也改成這個吧 pull_dim = N N Y ；我是要沿著z方向pull，改成你自己的方向即可 pull_start = yes pull_ngroups = 1 pull_group0 = ref ；這個組是參考組，你得提前自己設(shè)置好，這一項一定要檢查好 pull_group1 = pull-atom pull_rate1 = 7.5e-5 ; 7.5e-5 nm per ps = 0.075 nm per ns ；設(shè)置速度不要太快，根據(jù)你要拉動的距離和模擬時間來確定，出現(xiàn)你說的問題，是不是模擬時間不夠長呢？ pull_k1 = 1000 ; kJ mol^-1 nm^-2 pull_vec1 = 0.0 0.0 1.0 pull_nstxout = 1000 ; every 20 ps pull_nstfout = 1000 ; every 20 ps |
2樓2014-01-23 16:55:28
3樓2014-01-27 17:37:04
4樓2014-02-03 17:31:36
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