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小小鑫000鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
我自己寫(xiě)了個(gè)vasp的shell腳本，高手幫我看看哪錯(cuò)了？
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各位高手，大家好： 我想寫(xiě)一個(gè)腳本，目的是把TOTAL FORCE下的力的數(shù)據(jù)呈現(xiàn)到comment文件中。也就是我想把OUTCAR里的一下部分通過(guò)腳本寫(xiě)到comment文件中。如下： POSITION TOTAL-FORCE (eV/Angst) ----------------------------------------------------------------------------------- 0.00000 0.00000 4.05312 0.000010 -0.000006 -0.005155 0.00000 0.00000 10.13242 0.000022 -0.000013 -0.030471 1.24096 0.71646 2.02643 -0.000046 0.000027 -0.050123 1.24096 0.71646 8.10599 -0.000039 0.000023 0.059639 -0.00001 1.43293 0.00000 -0.000014 0.000008 0.029145 -0.00001 1.43293 6.07955 0.000067 -0.000039 -0.003035 我自己寫(xiě)的腳本如下： #!/bin/sh rm WAVECAR -rf source /opt/openmpi/openmpi-intel.sh source /etc/profile mpirun -np 16 -machinefile ma vasp E=`grep -A 7 TOTAL OUTCAR | tail -6 | awk '{printf "%12.6f \n"}'` echo $E >>comment 其中source /opt/openmpi/openmpi-intel.sh source /etc/profile mpirun -np 16 -machinefile ma vasp 這三行是我這個(gè)機(jī)器的運(yùn)行指令，這個(gè)絕對(duì)沒(méi)錯(cuò)，但這之外的就是我瞎寫(xiě)的了。 最后的結(jié)果就是comment文件空白，機(jī)器出現(xiàn)如下提示： fatal: not enough arguments to satisfy format string `%12.6f ' ^ ran out for this one 求各位前輩幫我改正一下，謝謝！ |
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jpchou
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2樓2014-02-21 22:59:53
小小鑫000
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前輩，謝謝您的指導(dǎo)，最后comment的結(jié)果如下呈現(xiàn)： 0.000010 -0.000006 -0.005155 0.000022 -0.000013 -0.030471 -0.000046 0.000027 -0.050123 -0.000039 0.000023 0.059639 -0.000014 0.000008 0.029145 0.000067 -0.000039 -0.003035 但我又想讓它完全呈現(xiàn)下面的全部?jī)?nèi)容及寫(xiě)法和格式： POSITION TOTAL-FORCE (eV/Angst) ----------------------------------------------------------------------------------- 0.00000 0.00000 4.05312 0.000010 -0.000006 -0.005155 0.00000 0.00000 10.13242 0.000022 -0.000013 -0.030471 1.24096 0.71646 2.02643 -0.000046 0.000027 -0.050123 1.24096 0.71646 8.10599 -0.000039 0.000023 0.059639 -0.00001 1.43293 0.00000 -0.000014 0.000008 0.029145 -0.00001 1.43293 6.07955 0.000067 -0.000039 -0.003035 不要像0.000010 -0.000006 -0.005155 0.000022 -0.000013 -0.030471 -0.000046 0.000027 -0.050123 -0.000039 0.000023 0.059639 -0.000014 0.000008 0.029145 0.000067 -0.000039 -0.003035 這樣雜亂，并且有POSITION TOTAL-FORCE (eV/Angst) 這一行也要加上啊!前輩該怎嗎改？  |
3樓2014-02-22 11:49:34
jpchou
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identation: 金幣+2, 謝謝交流 2014-02-25 15:53:51
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#!/bin/sh rm WAVECAR -rf source /opt/openmpi/openmpi-intel.sh source /etc/profile mpirun -np 16 -machinefile ma vasp grep -A 1 TOTAL OUTCAR > comment grep -A 7 TOTAL OUTCAR | tail -6 | \ awk '{printf "%12.6f %12.6f %12.6f %12.6f %12.6f %12.6f \n",$1,$2,$3,$4,$5,$6}' \ >> comment |
4樓2014-02-23 18:42:32
小小鑫000
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前輩，這樣寫(xiě)的話(huà)還對(duì)嗎？ grep TOTAL OUTCAR |tail -1 >>comment grep -A 7 TOTAL OUTCAR | tail -6 | \ awk '{printf "%12.6f %12.6f %12.6f %12.6f %12.6f %12.6f \n",$1,$2,$3,$4,$5,$6}' \ >> comment 或grep -A 1 TOTAL OUTCAR |tail -1 >>comment grep -A 7 TOTAL OUTCAR | tail -6 | \ awk '{printf "%12.6f %12.6f %12.6f %12.6f %12.6f %12.6f \n",$1,$2,$3,$4,$5,$6}' \ >> comment 哪？ |
5樓2014-02-25 12:43:20
jpchou
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identation: 金幣+2, 謝謝交流 2014-02-25 15:53:59
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grep TOTAL OUTCAR |tail -1 >>comment 對(duì)~ TOTAL 在 OUTCAR 內(nèi)很多次 應(yīng)該要加 tail 沒(méi)錯(cuò) tail 我比較喜歡寫(xiě)成 tail -n 1 因?yàn)?tail -1 不是每一臺(tái)機(jī)器的 tail 都可以這樣寫(xiě) 所以完整寫(xiě)法應(yīng)該是 grep TOTAL OUTCAR | tail -n 1 >> comment |
6樓2014-02-25 14:14:26
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