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做電子密度差圖時如何選擇差分對象并進行分析？ 已有1人參與
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最近在用Multiwfn做電子密度差分圖，在差分時我直接用分子減去組成原子的電子密度，比如ClF3,中間紅色的是負值外圍藍色是正值，圖做出來了之后我卻怎樣分析其成鍵與否的問題？也就是說我們究竟應(yīng)該如何選取差分對象來分析兩種元素之間是否成鍵？ DISLIN_3.PNG |
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zhou2009
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2樓2014-03-01 15:23:56
sobereva
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你的圖作得不對。估計你是手動將整體波函數(shù)依次減去原子波函數(shù)文件作的圖，肯定原子波函數(shù)文件里的坐標(biāo)（XYZ=0. 0. 0.)和整體的坐標(biāo)不對應(yīng)。 應(yīng)參見此文第六節(jié)的做法去作這種圖 http://hi.baidu.com/sobereva/item/96eaeb5dd1b12309e7c4a5c1 |
3樓2014-03-01 21:53:20
4樓2014-03-02 10:25:43
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剛剛沒傳好 |
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2014-03-02 10:27:18, 48.73 K
5樓2014-03-02 10:28:12
sobereva
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這樣是正確的。程序自動已經(jīng)做了相減，免得用戶去一步一步輸入要去減哪些原子波函數(shù)文件了。 橙色是電子密度增加的部分，出現(xiàn)在了Cl-F之間，表現(xiàn)了一定共價性。但是如果你用這樣的方法去考察典型的共價鍵，會發(fā)現(xiàn)Cl-F之間密度增加部分并不大，也暗示了共價性很弱。實際上Cl-F的這種鍵稱為電荷轉(zhuǎn)移鍵，不是純粹的共價鍵。同時從圖中還看到F在垂直于鍵軸方向上密度增加了，這對應(yīng)于成鍵后F呈現(xiàn)出了孤對電子（如果作成等值面圖，會看到一個環(huán)形）。 |
6樓2014-03-02 11:21:25
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我自己裝了高斯09之后，按照帖子上所說的更改了gaupath的路徑到g09.exe所在的文件夾（注意到了不是g09w），但是在Multiwfn在調(diào)用高斯是卻出現(xiàn)了錯誤，顯示沒有可執(zhí)行的l1.exe,但是我所裝的高斯里面確實有這個文件��！是在是很傷神！再次麻煩你幫忙解答！下面有報錯的具體截圖 |
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2014-03-03 20:42:07, 21.32 K
7樓2014-03-03 20:43:08
sobereva
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8樓2014-03-03 21:59:44
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