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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 計算模擬 » 其他 » 不會用 VMD 求高手指教
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zhuimeng08銀蟲 (正式寫手)
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[求助]
不會用 VMD 求高手指教
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剛剛接觸VMD軟件，不會用，看了一下它的中文教程 依然不會，請高手賜教： 我要做分子的膜動力學，想用VMD軟件，把膜和我處理好的蛋白放在一塊，也就是在磷脂雙分子層膜中鑲嵌 蛋白質(zhì)，然后把不需要的磷脂雙分子層刪除？但是刪除時，運行命令vmd -dispdev text < combine.tcl | tee combine.log 后，輸出的PDB文件，沒有坐標，combine.log顯示 psfgen) Created by CHARMM version 27 1 vmd > vmd > vmd > psfgen) clearing structure, preserving topology and aliases vmd > psfgen) reading structure from psf file membrane.psf psfgen) psf file does not contain cross-terms vmd > psfgen) reading coordinates from pdb file membrane.pdb psfgen) no segment psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C1 DPP:1 psfgen) no segment psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C2 DPP:1 psfgen) no segment psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C3 DPP:1 psfgen) no segment psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom N4 DPP:1 psfgen) no segment ........... Info) Finished with coordinate file temp.pdb. 0 vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > atomselect0 vmd > vmd > ? ? ? ? ? ? ? ? vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > -55 vmd > 41 vmd > -51 vmd > 34 vmd > ? ? ? ? ? ? ? ? vmd > vmd > vmd > psfgen) Info: writing psf file protein_mem.psf psfgen) total of 26390 atoms psfgen) total of 9146 bonds psfgen) total of 16572 angles psfgen) total of 24364 dihedrals psfgen) total of 1500 impropers psfgen) total of 558 cross-terms psfgen) Info: psf file complete. vmd > psfgen) Info: writing pdb file protein_mem.pdb psfgen) Info: pdb file complete. vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > Info) VMD for WIN32, version 1.9.1 (February 1, 2012) Info) Exiting normally. psfplugin) Detected a Charmm31 PSF file 不知錯在哪里了？求指教？ [ Last edited by zhuimeng08 on 2014-3-6 at 12:41 ] |
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zhuimeng08
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2樓2014-03-07 10:12:58
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3樓2014-03-11 21:46:19
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