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秋水晚風(fēng)
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本文先利用 PORTRAIT 軟件對兩個(gè)目的害蟲轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行非編碼 RNA 的預(yù)測，然后將預(yù)測結(jié)果與常用的非編碼 RNA 數(shù)據(jù)庫（NONCODE、RFAM、RNADB）進(jìn)行同源性比對，最終確定在昆蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中存在的的非編碼 RNA。研究發(fā)現(xiàn)，除了在白背飛虱中發(fā)現(xiàn)的非編碼 RNA 數(shù)目相對較多外，其他物種中的非編碼 RNA 都比較少。分析認(rèn)為，非編碼 RNA 在序列上沒有蛋白編碼基因保守，基于序列保守性的同源分析可能無法有效地發(fā)現(xiàn)非編碼 RNA。另一方面，solexa 測序策略可能不利于非編碼 RNA基因序列的富集，丟掉了大量的非編碼 RNA 基因信息，轉(zhuǎn)錄組可能不是用于分析非編碼 RNA 的有效數(shù)據(jù)。 We predictednoncoding RNAswith the software PORTRAIT. The predicted noncoding RNA genes were used to search the well known database of NONCODE, RFAM, RNADB. As results, only a limited number of noncoding RNA genes were found. An exception was that many noncoding RNA genes were found in S. furcifera. We reasoned that the seqeunces of noncoding RNA are not conserved, which can not be found by homology searching.Another reason is that the sequences of noncoding RNA might be lost in the sequencing procedures of Solexa, which need be further investigated. |
3樓2014-03-13 12:26:14
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2樓2014-03-13 01:44:47
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【答案】應(yīng)助回帖
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秋水晚風(fēng): 金幣+20, 翻譯EPI+1, ★★★★★最佳答案 2014-03-13 18:14:30
秋水晚風(fēng): 金幣+20, 翻譯EPI+1, ★★★★★最佳答案 2014-03-13 18:14:30
| We firstly used the PORTRAIT software to predict the non-coding RNA of two target pests transcripts ,then the predicted results was compared with the RNA database NONCODE, RFAM, RNA DB for homology to identify the non-coding RNA in insect transcriptome .Multiple non-coding RNA was found in S. furcifera and few in other species .It is believed that there is no conserved protein-coding gene on non-coding RNA gene sequence and homology analysis based on sequence conservation can not be effective in finding non-coding RNA.Another reason is that solexa sequencing strategy may not be conducive to the enrichment of non-coding RNA gene sequence and lots of non-coding RNA gene information losted .In other words ,transcriptome may not be valid data for non-coding RNA analysis . |
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秋水晚風(fēng)4樓2014-03-13 13:23:20
秋水晚風(fēng)
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5樓2014-03-13 18:20:03
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