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clavicle

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] 求助，16S rDNA測(cè)定了i兩株菌的序列，大神們可以幫我分析下么？謝謝~！已有5人參與

用到論文里，就是想交代清楚篩選出的到底是什么菌，生理生化沒(méi)做，ＡＰＩ太貴，老板不管買(mǎi)。。。實(shí)驗(yàn)室也沒(méi)有條件做。
光靠序列能鑒別到什么程度呢？能不能構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)啊。。

第一個(gè)
CAACATTTTCCCCCCCCCTTTCCCGTAGCGTTGCTGCGCCACCGGACAGTATACTGCCCGACGGCTAACATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAGTAATGGACCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCGAATATCTACGAATTTCACCTCTACACTCGGAATTCCACTTACCTCTTCCATACTCAAGATACCCAGTATCAAAGGCAGTTCCGCAGTTGAGCTGCGGGATTTCACCCCTGACTTAAATATCCGCCTACGTGCGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAACAACGCTAGCCCCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGGGCTTCTTCTCCGACTACCGTCATTATCTTCATCGGTGAAAGAGCTTTACAACCCTAAGGCCTTCATCACTCACGCGGCATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTATGGATCGTCGCCTTGGTAGGCCTTTACCCCACCAACTAGCTATTCCAACGCGGGCCAATCCTTCCCCGATAAAATCTTTCCCCCGTAGGGCGTATGCGGTATTAATTCCAGTTTCCCGGAGCTATTCCGCAGGAAAAGGGTATGTTCCCACGCGTTACTCAACCCGTTCTGCCACTCCCCTTTGCGGGGCGTTCTGACTTGCATGTGTTAAAGCCTGGCCGCT

第二個(gè)

GCGCATTGCGCTGCTTCGATACTGCGTGCCAATTGCACCCAACATCCAGTTCGCATCGTTTAGGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAGTGTCAGTGTTGGTCCAGGTAGCTGCCTTCGCCATGGATGTTCCTCCTGATCTCTACGCATTTCACTGCTACACCAGGAATTCCGCTACCCTCTACCACACTCTAGTCGCCCAGTATCCACTGCAGTTCCCAGGTTGAGCCCAGGGCTTTCACAACGGACTTAAACGACCACCTACGCACGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAGTAACGCTTGCACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGTGCTTATTCTTTGGGTACCGTCATCCCAACCGGGTATTAGCCAGCTGGATTTCTTTCCCAACAAAAGGGCTTTACAACCCGAAGGCCTTCTTCACCCACGCGGTATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTACGGATCGTCGCCTTGGTGGGCCTTTACCCCGCCAACTAGCTAATCCGACATCGGCTCATTCAATCGCGCAAGGTCCGAAGATCCCCTGCTTTCACCCGTAGGTCGTATGCGGTATTAGCGTAAGTTTCCCTACGTTATCCCCCACGACAGAGTAGATTCCGATGTATTCCTCACCCGTCCGCCACTCGCCACCCAGGGAGCAAGCTCCTCTGTGCTGCCGTTCGACTTGCATGTGTTAGGCCTACCGCCAGCGTTTCACTCTGAGCCAGGATTCAAAACTTCTGACG

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向日葵只在白天才能仰起頭來(lái)

1樓 2014-03-13 00:09:28

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匿名

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13樓2014-03-16 18:08:52

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王賢卓

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clavicle: 金幣+1, ★有幫助 2014-03-13 13:06:03

　　　你先拿到ＮＣＢＩ網(wǎng)站序列比對(duì)，獲得大概信息

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3樓2014-03-13 08:57:36

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dllchina

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clavicle: 金幣+1 2014-03-13 13:06:11

只是鑒定什么菌的話，簡(jiǎn)單點(diǎn)就是16S 測(cè)序后 blast, 分子水平上最NB，別人最無(wú)話可說(shuō)的就是DNA-DNA雜交啊，做那么多生理生化實(shí)驗(yàn)干嘛。。。
如果你要鑒定新種，那就麻煩啦

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4樓2014-03-13 10:41:39

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引用回帖:

4樓: Originally posted by dllchina at 2014-03-13 10:41:39
只是鑒定什么菌的話，簡(jiǎn)單點(diǎn)就是16S 測(cè)序后 blast, 分子水平上最NB，別人最無(wú)話可說(shuō)的就是DNA-DNA雜交啊，做那么多生理生化實(shí)驗(yàn)干嘛。。。
如果你要鑒定新種，那就麻煩啦

只有16S可以做進(jìn)化樹(shù)么？要做到什么程度才算是合格的進(jìn)化樹(shù)？大神能幫幫忙么？

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向日葵只在白天才能仰起頭來(lái)

5樓2014-03-13 13:05:53

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