煙波釣徒de

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[求助] 求助一個(gè)晶體的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)及拓?fù)浞治? 已有2人參與

本人現(xiàn)有一個(gè)晶體結(jié)構(gòu)，由于是3D結(jié)構(gòu)想分析其拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，自己對(duì)于拓?fù)洳皇呛芏�，之前摸索了一下TOPOS4，OLEX，DIAMOND，都不得其要領(lǐng)，因而在此求助各位topos高手分析一下，cIf文件已上傳，不甚感激！

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2014-03-14 12:30:12, 31.91 K

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1樓 2014-03-14 12:30:15

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情化鉀

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
煙波釣徒de: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-03-14 21:55:08

你可以用mercury，簡(jiǎn)單易學(xué)，比diamond好用的多，可以使用short contact命令看生長(zhǎng)方式，或者calculate--packing/slicing中pack后生長(zhǎng)看3維結(jié)構(gòu)的生長(zhǎng)方式，還有從配位模式上來(lái)分析，是幾配位幾面體，是否有H鍵作用，是否有π堆積，基本就是這幾個(gè)方面了

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2樓2014-03-14 15:20:30

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 情化鉀 at 2014-03-14 15:20:30
你可以用mercury，簡(jiǎn)單易學(xué)，比diamond好用的多，可以使用short contact命令看生長(zhǎng)方式，或者calculate--packing/slicing中pack后生長(zhǎng)看3維結(jié)構(gòu)的生長(zhǎng)方式，還有從配位模式上來(lái)分析，是幾配位幾面體，是否有H鍵作用 ...

感謝您的回復(fù)，我之前用mercury看過(guò)了，金屬離子是八配位的，和六個(gè)配體配位，1個(gè)配體是和6個(gè)金屬配位，生成的一維鏈通過(guò)配體連接成3D結(jié)構(gòu)，至于堆積方面，由于溶劑分子全部被刪除，所以看不出H鍵，我用olex處理后不知道如何進(jìn)行節(jié)點(diǎn)選擇，所以很頭疼，能否幫忙看一下，萬(wàn)分感謝！

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3樓2014-03-14 21:52:40

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

3樓: Originally posted by 煙波釣徒de at 2014-03-14 21:52:40
感謝您的回復(fù)，我之前用mercury看過(guò)了，金屬離子是八配位的，和六個(gè)配體配位，1個(gè)配體是和6個(gè)金屬配位，生成的一維鏈通過(guò)配體連接成3D結(jié)構(gòu)，至于堆積方面，由于溶劑分子全部被刪除，所以看不出H鍵，我用olex處理后 ...

你用platon檢測(cè)看有無(wú)氫鍵，溶劑分子需保留，有的話在diamond中繪制，我可以代勞

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4樓2014-03-15 00:34:03

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4樓: Originally posted by 情化鉀 at 2014-03-15 00:34:03
你用platon檢測(cè)看有無(wú)氫鍵，溶劑分子需保留，有的話在diamond中繪制，我可以代勞
...

這個(gè)晶體不是我自己解的，是別人幫我弄出來(lái)的，當(dāng)時(shí)幫忙解的人說(shuō)溶劑分子不確定，所以解出來(lái)后溶劑分子未保留，發(fā)給我的文件就只有CIF以及RES文件，其余的就沒(méi)有看見(jiàn)，要不我把原始的晶體數(shù)據(jù)發(fā)給您看看，我這個(gè)就是畢業(yè)論文里面需要說(shuō)明一下拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和拓?fù)浞治�，如果弄好了有重謝。

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5樓2014-03-15 11:40:29

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5樓: Originally posted by 煙波釣徒de at 2014-03-15 11:40:29
這個(gè)晶體不是我自己解的，是別人幫我弄出來(lái)的，當(dāng)時(shí)幫忙解的人說(shuō)溶劑分子不確定，所以解出來(lái)后溶劑分子未保留，發(fā)給我的文件就只有CIF以及RES文件，其余的就沒(méi)有看見(jiàn)，要不我把原始的晶體數(shù)據(jù)發(fā)給您看看，我這個(gè)就 ...

解晶體我也不擅長(zhǎng)，實(shí)在是愛(ài)莫能助。H鍵什么的就先不寫了吧

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6樓2014-03-15 15:31:17

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6樓: Originally posted by 情化鉀 at 2014-03-15 15:31:17
解晶體我也不擅長(zhǎng)，實(shí)在是愛(ài)莫能助。H鍵什么的就先不寫了吧...

嗯那好，沒(méi)有問(wèn)題只要能夠把拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)弄出來(lái)就行，其余的都沒(méi)有多大關(guān)系的

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7樓2014-03-18 09:45:43

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lwyzky

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{4^11.6^4}
Topological type: 6/4/t7; sqc885

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9樓2014-06-02 00:41:13

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