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cumt111銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
幫忙用導(dǎo)出的高嶺石結(jié)構(gòu)的cif文件畫出用于gaussian優(yōu)化的結(jié)構(gòu)，緊急 已有2人參與
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| 在網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫下了高嶺石晶體結(jié)構(gòu)的cif文件，想用gaussian優(yōu)化結(jié)構(gòu)后計算與藥劑分子的作用，然后下載了Mercury 3.3轉(zhuǎn)成了gaussian能打開的文件，但是優(yōu)化一直出錯，才發(fā)現(xiàn)可能導(dǎo)出的晶體結(jié)構(gòu)可能不完整，但是由于時間原因和專業(yè)知識所限，我也不會調(diào)整這個，懇請哪位大俠能否幫我畫出這個結(jié)果？萬分感謝！ |
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cg陳
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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cumt111: 金幣+50, ★★★很有幫助 2014-03-17 13:27:55
cumt111: 金幣+50, ★★★很有幫助 2014-03-17 13:27:55
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crystal程序內(nèi)置了從頭算和DFT方法，可以對晶體結(jié)構(gòu)，電子結(jié)構(gòu)等性質(zhì)研究。 軟件下載地址：http://www.crystal.unito.it/index.php，教程也有，小木蟲也可以搜下。 我在發(fā)一篇中文sci給你看下，給我你的郵箱。 此外：你還可以使用material studios軟件，用castep模塊。導(dǎo)入該晶胞結(jié)構(gòu)，然后用DFT跑動力學(xué)計算相互作用。 如果不是非要DFT方法，還可以借助動力學(xué)模擬。采用該軟件的discover或者forcite模塊，進(jìn)行動力學(xué)來計算相互作用。 |
8樓2014-03-17 13:08:30
cumt111
銀蟲 (小有名氣)
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補(bǔ)充一下原子坐標(biāo)： 0 2 Al 1.28700000 1.48960000 0.00000000 Si -0.56439395 4.28359151 3.18857757 Si -0.25415311 1.53772664 2.80891826 O -0.90651793 4.16295527 1.61956953 O -0.66173720 1.99646163 1.32001747 O -0.21863681 2.82468689 3.77631686 O 0.70289298 5.25696536 3.38836579 O 1.20098430 0.84848244 2.77882320 Al 3.86100000 2.97040000 0.00000000 O 2.14160000 2.97040000 1.08720000 O 0.43240000 0.00000000 -1.08720000 O 0.43240000 2.97040000 -1.08720000 O 3.00640000 1.48960000 -1.08720000 Al -1.28700000 5.94960000 0.00000000 Si 1.99970613 0.71419826 1.38691826 Si 1.41030130 5.93087449 2.10820638 O 4.71559999 4.46000004 1.08719998 O 2.79842672 0.57991522 -0.00498750 O 4.71560000 1.48960000 1.08720000 O -1.33722273 0.48127559 3.36051552 O -1.83531405 4.88975851 3.97005811 Al -1.28700000 2.97040000 0.00000000 Al 1.28700000 -1.48960000 0.00000000 O 3.00640000 4.46000000 -1.08720000 O 5.58040002 2.97040001 -1.08720004 H 4.15136145 4.67579841 1.83330047 H 4.15171812 1.27445267 1.83375800 H -1.23917441 0.10802386 4.23953183 H -1.79481384 5.02585090 4.91949931 H 2.17306871 4.71324031 -0.68343235 H 6.20733530 3.58221107 -0.69446684 |
2樓2014-03-16 11:10:13
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3樓2014-03-16 11:23:28
cumt111
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4樓2014-03-16 11:25:59
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