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weitong金蟲 (正式寫手)
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[求助]
作業(yè)管理torque和maui使用問題：error while loading shared libraries: libimf.so
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嘗試組建一個集群，按照網(wǎng)上的安裝過程http://blog.csdn.net/educast/article/details/7168467，安裝了Torque2.5.13和Maui3.3.1,并且參考了南開大學(xué)張鋆的集群構(gòu)建教程，安了了mpiexec 0.84替代pbs_sched. 在主機root下將pbs_server，pbs_mom,maui都正常啟動了，子節(jié)點上pbs_mon也正常啟動了。 pbsnodes可以看到各個節(jié)點的情況。 但是測試一個任務(wù)時$ qsub submit.pbs, terminal下沒有出錯信息,但是result文件是空的。查看了first_task.o0，發(fā)現(xiàn)里面有出錯信息 /usr/local/sbin/pbs_iff: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory mpiexec: Error: get_hosts: pbs_connect: Unauthorized Request . 查找libimf.so，發(fā)現(xiàn)在/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64,/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/ia32,/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/mic里面都有，嘗試將他們都在/etc/profile和/etc/bashrc里面添到到LD_LIBRARY_PATH，并且source了一下。但是仍然沒決決問題。 其實這 個libimf.so找到到，還發(fā)生在$sudo /etc/init.d/pbs_server start時。只有在su登錄后，才能正常啟動。 [root@magnetics weitong]# /etc/init.d/pbs_server start /var/spool/torque/server_priv/serverdb Starting TORQUE Server: [確定] [weitong@magnetics ~]$ sudo /etc/init.d/pbs_server start [sudo] password for weitong: /var/spool/torque/server_priv/serverdb Starting TORQUE Server: /usr/local/sbin/pbs_server: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory [失敗] *附***submit.pbs***** #!/bin/sh #PBS -l nodes=mag02:ppn=8+magnetics:ppn=8 （使用mag02上8個CPU和magnetics上8個CPU） #PBS -q batch #PBS -j oe #PBS -N first_task (任務(wù)名字，隨便取) cd /home/weitong /usr/local/mpitorque/bin/mpiexec ./Work/Computing/hellocluster > result |
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weitong
金蟲 (正式寫手)
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- 注冊: 2005-11-23
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
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問題解決,根本原因是計算節(jié)點slave上的so文件路徑不全，要修改補充計算節(jié)點上/etc/ld.so.conf,以及/etc/ld.so.conf.d/里面的conf文件。 附上解決過程： 主機上: [root@magnetics ld.so.conf.d]# scp torque.conf mag02:/etc/ld.so.conf.d/ 在計算節(jié)點mag02機子上： [weitong@mag02 etc]$ sudo /sbin/ldconfig /etc/ld.so.conf (新新so路徑) 在主機上: [weitong@magnetics Computing]$ qsub submit.pbs 61.magnetics 出現(xiàn)新的錯誤first_task.o61， 說明上面通過conf文件添加so路徑的方法奏效了。 /usr/local/sbin/pbs_iff: error while loading shared libraries: libtorque.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory mpiexec: Error: get_hosts: pbs_connect: Unauthorized Request . 查找發(fā)現(xiàn)libtorque.so.2在/usr/local/lib里面 在計算節(jié)點mag02機子上： [weitong@mag02 etc]$ sudo vim ld.so.conf，加入/usr/local/lib include ld.so.conf.d/*.conf /usr/local/lib 主上上： [root@magnetics ld.so.conf.d]# scp mpitorque.conf mag02:/etc/ld.so.conf.d/ 在計算節(jié)點mag02機子上： [weitong@mag02 etc]$ sudo /sbin/ldconfig /etc/ld.so.conf *************Done,解決問題。原來要將找不到的so文件路徑加入到conf文件中。 ************* |
2樓2014-03-23 00:09:38
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