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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
franch: 金幣+5, 應(yīng)助指數(shù)+1, 謝謝回帖交流。。。 2014-03-31 22:26:03

引用回帖:

10樓: Originally posted by 1164028932 at 2014-03-30 14:16:14
麻煩你看一下，我根據(jù)你的意思建立的反應(yīng)物與生成物的結(jié)構(gòu)如下圖所示，你看一下合理嗎?對(duì)不對(duì)？還有就是優(yōu)化的時(shí)候要固定晶格優(yōu)化嗎?優(yōu)化時(shí)固定其他原子只優(yōu)化表面原子還是都優(yōu)化？

reaction.png

production.png
...

OB軸向取的太少了。建議把OB軸向取得再大一些，否則相當(dāng)于OB向的一條線上的Ba都脫出，這不合理。另外真空層建議至少10A，如果嚴(yán)格的話建議做測(cè)試，CASTEP的計(jì)算量和晶格大小有關(guān)，所以要看能承受多大的計(jì)算量了，如果是Dmol3就無(wú)所謂，真空層取個(gè)三五十A問(wèn)題都不大。

優(yōu)化應(yīng)當(dāng)作不opt cell（但是因此也有可能造成不收斂）的全幾何優(yōu)化，不要固定，這樣拖出前后晶格弛豫的能量會(huì)包含在脫出的能量中，也很容易理解，離子脫出后晶格需要重組、再構(gòu)。不過(guò)也有可能會(huì)不容易收斂。

不過(guò)我估計(jì)CASTEP計(jì)算這個(gè)體系有點(diǎn)危險(xiǎn)，速度相當(dāng)慢（我估計(jì)單節(jié)點(diǎn)每個(gè)structure都要幾個(gè)小時(shí)），因?yàn)榇笾律蠌某叽缟峡碖-point基本是gamma了，這樣CASTEP就算跨節(jié)點(diǎn)也不會(huì)有好的效率（CASTEP計(jì)算劃分是依據(jù)K-point的）。速度如果比較慢就不要用Ultrafine，可以降低到fine。另外可以嘗試Dmol3（也有可能收斂造成問(wèn)題）甚至開源的SIESTA或Openmx。差不多的精確程度來(lái)看，VASP速度比CASTEP好得多，這個(gè)你就要好好請(qǐng)教樓上前輩了。

老菜鳥的一點(diǎn)建議，你先試試吧。

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11樓2014-03-30 16:02:13

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引用回帖:

11樓: Originally posted by 卡開發(fā)發(fā) at 2014-03-30 16:02:13
OB軸向取的太少了。建議把OB軸向取得再大一些，否則相當(dāng)于OB向的一條線上的Ba都脫出，這不合理。另外真空層建議至少10A，如果嚴(yán)格的話建議做測(cè)試，CASTEP的計(jì)算量和晶格大小有關(guān)，所以要看能承受多大的計(jì)算量了，如 ...

恩好的，不要謙虛，在我眼里你已經(jīng)是大神了，我還是請(qǐng)教一下，我這個(gè)能用Dmol算過(guò)渡態(tài)嗎?我前幾天就是這個(gè)結(jié)構(gòu)分別用CASTEP和Dmol計(jì)算了同一個(gè)路徑的擴(kuò)散能，參數(shù)設(shè)置基本一樣，為什么結(jié)果差距很大呀？我看文獻(xiàn)沒(méi)發(fā)現(xiàn)有用Dmol算晶體內(nèi)部離子擴(kuò)散的?麻煩大神指導(dǎo)一下。謝謝。

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12樓2014-03-31 21:28:52

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12樓: Originally posted by 1164028932 at 2014-03-31 21:28:52
恩好的，不要謙虛，在我眼里你已經(jīng)是大神了，我還是請(qǐng)教一下，我這個(gè)能用Dmol算過(guò)渡態(tài)嗎?我前幾天就是這個(gè)結(jié)構(gòu)分別用CASTEP和Dmol計(jì)算了同一個(gè)路徑的擴(kuò)散能，參數(shù)設(shè)置基本一樣，為什么結(jié)果差距很大呀？我看文獻(xiàn)沒(méi)發(fā) ...

原子軌道的方法計(jì)算固體是不太準(zhǔn)確，優(yōu)化晶格結(jié)構(gòu)都有點(diǎn)困難，castep對(duì)于PBC體系肯定好些的。你指的結(jié)果差距指的是擴(kuò)散能壘？除了平面波方法中的pseudopot不一樣，另外k-point和Ecut一般需要測(cè)試我們是知道的，Dmol3中的k-point以及原子軌道的截?cái)嘁彩且獪y(cè)試的，這些都不一樣結(jié)果不一樣也很正常。不過(guò)我覺(jué)得你這個(gè)體系偏大，CASTEP算起來(lái)有點(diǎn)危險(xiǎn)，完全準(zhǔn)確不可能，趨勢(shì)正確，計(jì)算參數(shù)有力有據(jù)即可。

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13樓2014-04-01 09:37:04

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13樓: Originally posted by 卡開發(fā)發(fā) at 2014-04-01 09:37:04
原子軌道的方法計(jì)算固體是不太準(zhǔn)確，優(yōu)化晶格結(jié)構(gòu)都有點(diǎn)困難，castep對(duì)于PBC體系肯定好些的。你指的結(jié)果差距指的是擴(kuò)散能壘？除了平面波方法中的pseudopot不一樣，另外k-point和Ecut一般需要測(cè)試我們是知道的，Dmo ...

恩就是的，擴(kuò)散能壘差距很大，你說(shuō)的PBC體系是什么體系？

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14樓2014-04-02 22:35:31

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14樓: Originally posted by 1164028932 at 2014-04-02 22:35:31
恩就是的，擴(kuò)散能壘差距很大，你說(shuō)的PBC體系是什么體系？...

周期邊界條件（periodic boundary condition）。我覺(jué)得你先看看趨勢(shì)（和試驗(yàn)方面），比較純粹的絕對(duì)值意義不大，這個(gè)本身也依賴泛函的選取，很顯然的就是即便同一種泛函采用不同基函數(shù)展開，特性也很不同。PBC下Dmol3計(jì)算某些性質(zhì)我聽說(shuō)不是很靠譜。

castep大家很注意Ecut的選取，但是Dmol3大家對(duì)Rcut的選取似乎并不是很重視，兩者的可比性我覺(jué)得都只有這些相關(guān)的參數(shù)極限外推才能夠作比較。

另外，我不確定的是你現(xiàn)在過(guò)渡態(tài)構(gòu)型上兩者做出來(lái)的定性是否正確？Dmol3可以在TS search后計(jì)算Freq，然后進(jìn)行TS opt，經(jīng)過(guò)優(yōu)化后的構(gòu)型是否比較過(guò)？

靠譜點(diǎn)的話還是VASP。

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15樓2014-04-02 23:00:36

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