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jackwangee金蟲 (小有名氣)
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[求助]
gromacs NPT restrain 兩個(gè)分子 已有1人參與
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做石墨烯水體系NPT 想restrain 兩層石墨烯 用如下方法restrain: 1. genrestr -f tcn.gro -o strong_posre.itp -fc 418 418 418 2. ; Strong position restraints for MOL #ifdef STRONG_POSRES #include "strong_posre.itp" #endif in itp 3.define = -DSTRONG_POSRES in mdp 但是strong_posre.itp 內(nèi)的原子個(gè)數(shù)必須和力場參數(shù)itp內(nèi)原子個(gè)數(shù)相同。 做出來之后 。。只能限制其中一層. 同時(shí)我也改變力場。。將兩層石墨烯的原子的全部變成一個(gè)itp文件。但是結(jié)果是 石墨烯跑散了。 請問還有其他辦法可以限制兩層石墨烯嗎？ |
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jackwangee
金蟲 (小有名氣)
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2樓2014-03-20 09:55:45
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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月只藍(lán): 金幣+5, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-21 16:37:42
jackwangee: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2014-04-07 12:12:49
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帥哥，你的思路沒錯(cuò)，就是你需要再仔細(xì)讀一下手冊，關(guān)于 position_restraints 的設(shè)置問題。 不管你有多少層石墨烯，你把石墨烯的參數(shù)都弄在一個(gè)itp文件中，比如取名就叫 graphene.itp 打個(gè)比方說你有100個(gè)原子，那么在 graphene.itp 文件里應(yīng)該是這樣的： [moleculetype] ; molname nrexcl graphene 1 [atoms] ; id type resnr residu atom cgnr charge mass 1 CA 1 GRA C4 1 0.0 12.011 2 CA 1 GRA C2 2 0.0 12.011 3 CA 1 GRA C4 3 0.0 12.011 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 96 CA 1 GRA C2 96 0.0 12.011 97 CA 1 GRA C4 97 0.0 12.011 98 CA 1 GRA C2 98 0.0 12.011 99 CA 1 GRA C4 99 0.0 12.011 100 CA 1 GRA C2 100 0.0 12.011 [ bonds ] ; i j funct bo kb [angles] ; ai aj ak funct [dihedrals] ; ai aj ak al funct ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "graphene_pr.itp" #endif ；OK graphene.itp 到此結(jié)束，最后引用的graphene_pr.itp 文件里面就是你想限制位置的那些原子序列，這參數(shù)設(shè)置就放在這里，如果你的模擬過程中不需要限制，就在MDP文件中設(shè)置即可，如果需要限制，就在MDP文件中加上一條 define = -DPOSRES 就可以了。 打個(gè)比方我想限制第1個(gè)和第100個(gè)原子的位置，那么就在graphene_pr.itp文件中寫： [ position_restraints ] ; atom type fx fy fz 1 1 1000000 1000000 1000000 100 1 1000000 1000000 1000000 ok，如果你還想限制其他的原子，就再加上即可。 �？蒲许樌� |
3樓2014-03-20 10:37:02
4樓2014-03-20 10:41:10
jackwangee
金蟲 (小有名氣)
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5樓2014-03-21 09:21:50
6樓2014-03-21 10:09:40
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