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請問下KEGG代謝通路圖里紅色和綠色的箭頭以及紅色的方框的含義~~~~~~~~~ 已有1人參與
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如圖，我從KEGG pathway里面找到了特定物種的alanine和2-Oxocarboxylic acid代謝通路圖，之前看過介紹的帖子說方框里的是酶，而且綠色就是代表這個(gè)物種的酶，但是我看到第一張圖里面綠色的酶還有一個(gè)紅色的邊框，是代表這個(gè)酶增多上調(diào)了么？可以認(rèn)為相應(yīng)的代謝產(chǎn)物oxaloacetate也增多嗎？第二個(gè)圖里面還有紅色的雙向箭頭以及綠色的單向箭頭，雙向箭頭是代表可以相互轉(zhuǎn)換嗎？那么紅綠色也是代表著轉(zhuǎn)換速度變快變慢嗎？我查了KEGG的help里的color coding，沒找到這個(gè)介紹呢~~~問題有點(diǎn)多，非常感謝大家能幫忙解答~~~~~~ 1.JPG 捕獲.JPG [ Last edited by 銀杏葉2 on 2014-3-18 at 12:36 ] |
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2樓2014-03-18 14:35:22
3樓2014-03-18 14:56:20
libranjie
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銀杏葉2: 金幣+80, ★★★★★最佳答案 2014-03-31 18:18:34
銀杏葉2: 金幣+80, ★★★★★最佳答案 2014-03-31 18:18:34
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在reference 的pathway里面，綠色表示有這樣的酶，這個(gè)酶很可能就來自與這個(gè)reference，但是完成某一個(gè)功能可能有不少序列相似度并不高的幾個(gè)酶，所以那個(gè)白色的最保守的描述是沒有發(fā)現(xiàn)，基本上就是沒有這個(gè)酶。 |
7樓2014-03-24 17:17:28
8樓2014-03-31 18:27:50
libranjie
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9樓2014-04-02 23:13:57
10樓2014-04-05 10:30:10
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