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[求助]
求助LAMMPS兩次運(yùn)算結(jié)果不一致問(wèn)題！ 已有1人參與
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本人打算采用LAMMPS計(jì)算高聚物的導(dǎo)熱系數(shù)，由于是新手，首先按照LAMMPS例子里面的IN文件進(jìn)行了練習(xí)（文件路徑：LAMMPSExampleKAPPAin.heat），運(yùn)算結(jié)果與所提供的參照結(jié)果比較吻合。而考慮到將來(lái)我的研究對(duì)象是復(fù)雜的高聚物體系，應(yīng)該要用到MS來(lái)建模，為了先探探路，于是先將上述in.heat文件內(nèi)描述的模型應(yīng)用MS進(jìn)行建模，建好模型后在Discover模塊進(jìn)行設(shè)置（energy里面選擇compass），隨后typing，并順利導(dǎo)出、轉(zhuǎn)換成LAMMPS所能識(shí)別的data文件（只有選擇了compass才能順利導(dǎo)出，后來(lái)在data文件中修改了pair_coeff）。 我碰到的問(wèn)題是：從MS-->LAMMPS的方法計(jì)算結(jié)果僅為參照結(jié)果的一半（即按照LAMMPS例子中提供的in文件的計(jì)算結(jié)果）。我仔細(xì)對(duì)比過(guò)MS產(chǎn)生data文件與LAMMPS提供的in文件的設(shè)置，關(guān)于模型的參數(shù)（如原子數(shù)目、pair_style、pair_coeff、Mass等參數(shù)均相同），以及后續(xù)對(duì)物理過(guò)程的處理代碼都是相同的，可是就是結(jié)果差別太大。（附上兩次運(yùn)算的LOG文件，其中Neighs數(shù)字有較大區(qū)別） 特請(qǐng)這方面經(jīng)驗(yàn)豐富的朋友幫忙出出主意，或者提點(diǎn)寶貴意見(jiàn)，先感謝啦！@oxox6085@smutao |
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2樓2014-04-02 17:10:32
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您好！我重新上傳附件（其中l(wèi)og.MS為利用MS創(chuàng)建模型產(chǎn)生的數(shù)據(jù)文件的計(jì)算結(jié)果），請(qǐng)幫我分析分析，謝謝！ |
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2014-04-04 09:21:30, 5.67 K
3樓2014-04-04 09:22:42
4樓2014-04-04 18:06:54
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請(qǐng)看我上傳到Datafiles，其中in.heat是LAMMPS例子里面的文件，用這個(gè)文件直接運(yùn)行得到 log.LAMMPS；運(yùn)行in.hydrogen（其中會(huì)調(diào)用hydrogen.data）產(chǎn)生 log.MS。請(qǐng)幫忙檢查一下，謝謝！ |
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2014-04-04 19:47:01, 20.23 K
5樓2014-04-04 19:49:52
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+5, 感謝指導(dǎo)！ 2014-04-07 10:27:25
月只藍(lán): 金幣+5, 感謝指導(dǎo)！ 2014-04-07 10:27:25
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1、data文件里#慎用，例如“Atoms # full”。 2、region hot block INF INF INF INF -0.4705175*v_rho 0.5294825*v_rho units box region cold block INF INF INF INF 9.5294825*v_rho 10.5294825*v_rho units box 這里設(shè)置可能得改改，否則報(bào)錯(cuò)： Use of region with undefined lattice 3、data文件里力場(chǎng)參數(shù)設(shè)置改一改： Pair Coeffs 1 1.0 1.0 這樣好像可以得到類似結(jié)果。按原來(lái)的設(shè)置好像多設(shè)定了個(gè)cutoff1。 參考手冊(cè)里read_data和pair_style lj/cut部分。 |
6樓2014-04-06 17:04:11
7樓2014-04-06 19:21:17
★ ★ ★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+5, 感謝指導(dǎo)！ 2014-04-07 10:27:33
月只藍(lán): 金幣+5, 感謝指導(dǎo)！ 2014-04-07 10:27:33
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試過(guò)了。你試一下這兩個(gè)文件，和你的對(duì)比一下。 |
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- 附件 2 : in.hydrogen
2014-04-06 20:09:09, 353.65 K
2014-04-06 20:09:10, 1.84 K
8樓2014-04-06 20:09:12
9樓2014-04-08 08:35:51
★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-04-13 09:29:06
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-04-13 09:29:06
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我用的windows版本的lammps，暫時(shí)只保留了弛豫部分的run。 例子的in文件不變。自己的data文件里改一下。 你把出問(wèn)題的log文件發(fā)來(lái)看看也行。 |
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- 附件 2 : logMS.lammps
2014-04-08 09:32:28, 3.78 K
2014-04-08 09:32:36, 2.34 K
10樓2014-04-08 09:38:21
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