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heikuyu新蟲(chóng) (正式寫手)
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[求助]
哪位老師肯幫助我看下，安裝lammps到最后時(shí)出現(xiàn)什么問(wèn)題 已有1人參與
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我在ubuntukylin13.1下安裝lammps 安裝前安裝了gnu compiler, gnu fortran compiler, C++和 f90 compiler等插件，也不知道哪個(gè)需要 然后開(kāi)始按網(wǎng)頁(yè)上的說(shuō)明分別安裝fftw-3.3.4.tar.gz、mpich_3.0.4.orig.tar.gz和lammps-1Feb14.tar.gz， 都是lammps網(wǎng)站上的。我把這三個(gè)文件安裝到了/usr/local下。我主要想安裝reaxx。 然后修改Makefile.serial, 運(yùn)行make serial.就始終出現(xiàn)問(wèn)題。 換成mpich2_1.4.1.orig.tar.gz，結(jié)果也一樣。 MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/usr/local/mpich3/include/ MPI_PATH = -L/usr/local/mpich3/lib MPI_LIB = -L/usr/local/mpich3/lib/libmpich FFT_INC = -I/usr/local/fftw/include/ -DFFT_fftw3 FFT_PATH = -L/usr/local/fftw/lib FFT_LIB = -L/usr/local/fftw/lib/libfftw3 reax_SYSLIB= -L/usr/local/lmp/lib/reax -libreax reax_SYSPATH= -L/usr/local/lmp/lib/reax/ 運(yùn)行錯(cuò)誤結(jié)果是： （省略前面一部分，感覺(jué)類似） /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:544：對(duì)‘MPI_Bcast’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:545：對(duì)‘MPI_Bcast’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:550：對(duì)‘MPI_Scatterv’未定義的引用 verlet_split.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::VerletSplit::run(int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:274：對(duì)‘MPI_Barrier’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:316：對(duì)‘MPI_Bcast’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::WriteData(LAMMPS_NS::LAMMPS*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:47：對(duì)‘MPI_Comm_rank’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:48：對(duì)‘MPI_Comm_size’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::atoms()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:313：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:335：對(duì)‘MPI_Irecv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:336：對(duì)‘MPI_Send’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:337：對(duì)‘MPI_Wait’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:338：對(duì)‘MPI_Get_count’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:346：對(duì)‘MPI_Recv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:347：對(duì)‘MPI_Rsend’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::velocities()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:366：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:388：對(duì)‘MPI_Irecv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:389：對(duì)‘MPI_Send’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:390：對(duì)‘MPI_Wait’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:391：對(duì)‘MPI_Get_count’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:399：對(duì)‘MPI_Recv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:400：對(duì)‘MPI_Rsend’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::bonds()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:417：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:440：對(duì)‘MPI_Irecv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:441：對(duì)‘MPI_Send’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:442：對(duì)‘MPI_Wait’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:443：對(duì)‘MPI_Get_count’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:452：對(duì)‘MPI_Recv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:453：對(duì)‘MPI_Rsend’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::angles()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:470：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:493：對(duì)‘MPI_Irecv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:494：對(duì)‘MPI_Send’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:495：對(duì)‘MPI_Wait’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:496：對(duì)‘MPI_Get_count’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:505：對(duì)‘MPI_Recv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:506：對(duì)‘MPI_Rsend’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::dihedrals()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:541：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:564：對(duì)‘MPI_Irecv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:565：對(duì)‘MPI_Send’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:566：對(duì)‘MPI_Wait’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:567：對(duì)‘MPI_Get_count’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:576：對(duì)‘MPI_Recv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:577：對(duì)‘MPI_Rsend’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::impropers()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:612：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:635：對(duì)‘MPI_Irecv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:636：對(duì)‘MPI_Send’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:637：對(duì)‘MPI_Wait’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:638：對(duì)‘MPI_Get_count’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:647：對(duì)‘MPI_Recv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:648：對(duì)‘MPI_Rsend’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::fix(int, int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:665：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:688：對(duì)‘MPI_Irecv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:689：對(duì)‘MPI_Send’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:690：對(duì)‘MPI_Wait’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:691：對(duì)‘MPI_Get_count’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:700：對(duì)‘MPI_Recv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:701：對(duì)‘MPI_Rsend’未定義的引用 write_data.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteData::write(char*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:148：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:157：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:161：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 write_restart.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteRestart::WriteRestart(LAMMPS_NS::LAMMPS*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:71：對(duì)‘MPI_Comm_rank’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:72：對(duì)‘MPI_Comm_size’未定義的引用 write_restart.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteRestart::file_layout(int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:555：對(duì)‘MPI_Gather’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:572：對(duì)‘MPI_Bcast’未定義的引用 write_restart.o：在函數(shù)‘LAMMPS_NS::WriteRestart::write(char*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:239：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:289：對(duì)‘MPI_Allreduce’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:402：對(duì)‘MPI_Irecv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:403：對(duì)‘MPI_Send’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:404：對(duì)‘MPI_Wait’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:405：對(duì)‘MPI_Get_count’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:413：對(duì)‘MPI_Recv’未定義的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:414：對(duì)‘MPI_Rsend’未定義的引用 collect2: error: ld returned 1 exit status make[1]: *** [../lmp_serial] 錯(cuò)誤 1 make[1]:正在離開(kāi)目錄 `/usr/local/lmp/src/Obj_serial' make: *** [serial] 錯(cuò)誤 2 |
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2樓2014-03-23 11:47:54
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對(duì)于lib的路徑要具體到那個(gè)執(zhí)行包。比如mpi 要指明libmpich.a 把MPI_LIB = -L/usr/local/mpich3/lib/libmpich.a 同理 fftw 路徑也一樣 FFT_LIB = -L/usr/local/fftw/lib/libfftw3.a 當(dāng)然很多情形下lammps是不支持fftw3 的 一般安裝的是fftw2版本！希望這對(duì)你有幫助。我也是新手！以后方便可以多交流！ |
4樓2014-03-29 19:19:00
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