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xion211鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
samtools軟件的使用
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樓主老板正在進(jìn)行一個(gè)基因組項(xiàng)目，但是資金沒(méi)有到位，測(cè)序公司不給已經(jīng)組裝好的數(shù)據(jù)給樓主。 樓主另外還委托他們重測(cè)序了一批樣品。 樓主現(xiàn)在手中有以前用500bp文庫(kù)測(cè)序出來(lái)的數(shù)據(jù)，想用非常近源物種的葉綠體基因組作為參考序列，從測(cè)序數(shù)據(jù)中組裝出樓主研究的植物的葉綠體基因組。 而現(xiàn)在的情況是樓主已經(jīng)有近源物種的葉綠體基因組了。測(cè)序數(shù)據(jù)是21g左右的fastq文件。樓主先用bwa軟件進(jìn)行處理，得到sam格式的文件，接下來(lái)準(zhǔn)備用samtools軟件進(jìn)行后續(xù)處理，這下樓主就不明白了，samtools軟件的說(shuō)明真的看不懂，也不知道接下來(lái)要怎么做了，求大神支援，不勝感激。最好是能給樓主講解一下samtools的使用方法及參數(shù)設(shè)置。或者有什么新的思路提供。 最后求一個(gè)從總基因組數(shù)據(jù)中拼接葉綠體基因組的策略，或者說(shuō)從總的基因組數(shù)據(jù)中挑選出葉綠體的reads。 |
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2樓2018-06-12 14:44:28
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