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小小鑫000鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
怎樣在MS中建立這三種金屬團(tuán)簇，會建的高手進(jìn)來！
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各位前輩，大家好： 最近在文獻(xiàn)上看到三種Au13的團(tuán)簇，分別如我下面上傳的，可我不知道這個(gè)怎么在ms中構(gòu)建，哪位高手會建，主要是詳細(xì)講一下建的步驟。 文獻(xiàn)對這三種團(tuán)簇的描述分別如下： 1.Particle 1L is planar and consists of 13 atoms belonging to the (111) surface (see Figure 1). 2.Particle 2L initially consisted of two layers of 4 and 9 atoms parallel to the (001)surface and with (111) side facets 3.particle 3L consists of three layers of 3, 7, and 3 atoms parallel to (111) 1.png 2.png 3.png |
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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-03-31 22:00:55
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導(dǎo)入Au的cif，cleave111表面，建立成supercell，然后手動切除不要的原子。再copy到其他的xsd中。 我不知道你用什么程序，我就帶著xsd附件上來。 |
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2014-03-26 02:02:02, 4.91 K
2樓2014-03-26 02:02:08
aaq2800
鐵桿木蟲 (知名作家)
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4樓2014-03-26 10:48:23
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5樓2014-03-26 11:13:50
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6樓2014-03-26 22:20:28
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7樓2014-03-26 23:12:21
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8樓2014-03-26 23:14:11
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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-03-31 22:02:03
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-03-31 22:02:03
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這樣吧，教你個(gè)懶辦法，先選中上面兩層，在Display style-Display style中顯示方式選擇為none，這樣上面兩層就不顯示了，在第三層（顯示的這層）靠中間一些選取三個(gè)相鄰的（構(gòu)成三角形的）原子，其他的全刪掉。 之后不選擇任何原子，意味著全局的設(shè)定，將Display style改成球棍，恢復(fù)了原來的顯示，在選中第一層，改為顯示為none，這樣就只顯示第二第三層。這時(shí)從底下往上看（第三層向第一層的方向），剛剛留下的構(gòu)成三角形的三個(gè)原子正好和上面一層7個(gè)原子構(gòu)成的六邊形連在一塊兒，這一層除了這7個(gè)原子，其他原子統(tǒng)統(tǒng)刪除。如果出現(xiàn)的不是六邊形，那么撤銷到剛剛的步驟，改為留下與剛剛那個(gè)三角形相鄰的三角形，這樣第二層留下的就是個(gè)六邊形。 同樣，恢復(fù)到球棍模型，休整第一層，留下三個(gè)很顯然的原子就可以了。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
9樓2014-03-27 01:10:31
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送紅花一朵 |
前輩，再一次感謝你，  我的這三個(gè)模型都做出來了，我現(xiàn)在在文獻(xiàn)上看到Ni2到Ni13的這幾個(gè)已經(jīng)優(yōu)化好后的模型圖，現(xiàn)在想按照這些形狀在ms里建一下它們的初始模型，我不知道該怎么下手，是用sketch atom 這個(gè)按鈕搭建嗎？但是這樣的話，我感覺搭建出來的模型特別隨意，比如說原來的幾條邊長都相等，現(xiàn)在不相等了，這樣的話會影響優(yōu)化結(jié)果嗎？還是不用這個(gè)方法搭建，有更好的方法，在Ni的晶胞超胞模型中，用切刪原子的方法行不行，還是在別的模型中刪那？望前輩指導(dǎo)~ 123.png 1234.png |
10樓2014-03-27 11:30:53
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