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含雙鍵二面角，柔性掃描勢(shì)能曲線，計(jì)算到一半就出錯(cuò)（gaussian） 已有1人參與
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各位大神，如題： 用gaussian對(duì)丁烯醛C-C=C-C二面角進(jìn)行柔性掃描。之前使用相同的命令對(duì)C=C-C=O成功進(jìn)行了掃描，但是換成這個(gè)中間是雙鍵的二面角就老是出錯(cuò)。在我這里是計(jì)算到一般出錯(cuò)，在師兄那里是直接就報(bào)錯(cuò)，求指點(diǎn)  ：%chk=C:\g09w\tests\butenal 2(1.15)\3-24 opt=modredundant trans\notstandard\build structure.chk # opt=modredundant b3lyp/6-311g(d,p) nosymm scf(maxcycle=300,qc) geom=connectivity Title Card Required 0 1 C H 1 1.09054186 H 1 1.09432804 2 107.93359226 H 1 1.09432776 2 107.93350013 3 115.33687104 0 C 1 1.50239580 2 111.80729538 4 122.33147321 0 H 5 1.08929069 1 117.01196721 2 -0.00383048 0 C 5 1.33840408 1 125.49243777 2 179.99643945 0 C 7 1.46865845 5 121.10962089 1 179.99971109 0 H 8 2.18241339 7 26.46832174 5 -179.99972750 0 H 8 1.11380015 7 114.35094064 5 0.00000000 0 O 8 1.21028815 7 124.66829891 5 179.99783613 0 1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0 2 3 4 5 6 1.0 7 2.0 6 7 9 1.0 8 1.0 8 10 1.0 11 2.0 9 10 11 D 1 5 7 8 S 90 -4.00000000 |
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2樓2014-04-02 09:17:29
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剛才正在補(bǔ)充，結(jié)果斷網(wǎng)了。。。 還想發(fā)個(gè)圖片上來(lái)... 首先我看了一下這幾次掃描的最后一個(gè)圖，有一個(gè)C和H鍵是斷開(kāi)的。不知道是因?yàn)闆](méi)有計(jì)算完所以斷開(kāi)了還是因?yàn)橛袛嚅_(kāi)的鍵才終止了計(jì)算。 另外，錯(cuò)誤顯示2070，最后幾句話是： Old curvilinear step not converged, using linear step Error imposing constraints Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Thu Mar 27 22:47:20 2014. Job cpu time: 0 days 2 hours 42 minutes 26.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 10 Int= 0 D2E= 0 Chk= 9 Scr= 1 ======================================= 現(xiàn)在能想到的方法就是： 1、師姐建議先換個(gè)計(jì)算方法和基組再算一下； 2、找個(gè)linux系統(tǒng)的gaussian計(jì)算一下； ======================================== |
3樓2014-04-02 09:32:10
槍下游魂
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【答案】應(yīng)助回帖
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這應(yīng)該不是方法和基組的問(wèn)題，換linux也會(huì)報(bào)錯(cuò)。 l103的錯(cuò)誤大多數(shù)是來(lái)自于分子坐標(biāo)和結(jié)構(gòu)問(wèn)題上。 首先你先看下在掃描碳鏈的時(shí)候相應(yīng)的其他原子是否跟著一起旋轉(zhuǎn); 然后你要把需要跟著一起動(dòng)的原子的相對(duì)位置固定； 另外可以嘗試下改成笛卡爾坐標(biāo)。 |
4樓2014-04-02 10:46:25
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其他原子是跟著轉(zhuǎn)的，比如C -C =CH1-CHO中 H1和CHO就是同時(shí)旋轉(zhuǎn)。當(dāng)時(shí)是專門去編譯了坐標(biāo)讓它倆同時(shí)旋轉(zhuǎn)的，不知道有沒(méi)有帶來(lái)影響。是不是用柔性掃描時(shí)不需要讓他們同時(shí)旋轉(zhuǎn)？這么改是因?yàn)橹坝肧CAN掃描的時(shí)候倆分子會(huì)在旋轉(zhuǎn)180度后重合。 采用了后兩條建議，改成了笛卡爾并同時(shí)固定了一個(gè)鍵角，不知道能不能安全著陸.... 非常感謝，有問(wèn)題再向您請(qǐng)教~ |
5樓2014-04-02 11:16:51
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改了坐標(biāo)，固定了一個(gè)鍵角...又出錯(cuò)了...也還是之前的問(wèn)題，優(yōu)化到最后就是結(jié)構(gòu)錯(cuò)誤。。。 Berny optimization. Using GEDIIS/GDIIS optimizer. Bend failed for angle 1 - 2 - 3 Tors failed for dihedral 9 - 1 - 2 - 3 Tors failed for dihedral 10 - 1 - 2 - 3 Tors failed for dihedral 11 - 1 - 2 - 3 Tors failed for dihedral 1 - 2 - 3 - 4 Tors failed for dihedral 1 - 2 - 3 - 6 FormBX had a problem. Error termination via Lnk1e in /home/yhm/g09/l103.exe at Wed Apr 2 04:53:20 2014. Job cpu time: 0 days 2 hours 1 minutes 4.1 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 10 Int= 0 D2E= 0 Chk= 3 Scr= 1 換了基組也不行... 怎么都不行... 準(zhǔn)備換個(gè)簡(jiǎn)單類似結(jié)構(gòu)算算....唉 |
6樓2014-04-03 09:17:35
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9樓2014-09-11 16:42:24
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