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Ballendtoo銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
怎么樣在Lammps里面固定輸出間隔，然后自動輸出？ 已有1人參與
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比如400000步的程序，我希望每跑間隔50000步自動輸出一個當(dāng)時的盒子大小x, y, z 該怎么實現(xiàn)呢？ 有做過的同學(xué)嗎 謝謝大家了 |
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4樓2014-04-11 16:08:30
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thermo_style 就是根據(jù)自己的需要修改輸出內(nèi)容：step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi，后面加上ke pe etotal就也出能量了。默認是thermo_style custom step temp epair emol etotal press。詳情見手冊。 |
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Ballendtoo19樓2014-04-22 17:47:52
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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thermo 50000 thermo_style custom step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi |
2樓2014-04-03 18:39:21
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in 文件應(yīng)該沒有問題，因為跑一個結(jié)構(gòu)可以正確輸出結(jié)果，但是我把結(jié)構(gòu)從單層改成雙層，就輸出nan了，具體的如下： Ewald initialization ... G vector (1/distnace) = -nan estimated absolute RMS force accuracy = -nan estimated relative force accuracy = -nan KSpace vectors: actual max1d max3d = 0 1 13 Memory usage per processor = 5.82992 Mbytes Step Lx Ly Lz Xlo Xhi Ylo Yhi Zlo Zhi 0 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 10 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 20 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 30 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 40 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 50 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 60 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 70 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 80 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 90 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 100 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan Loop time of 0.03101 on 16 procs for 100 steps with 11508 atoms Ewald initialization ... G vector (1/distance) = 0.374164 estimated absolute RMS force accuracy = 1.64594e-05 estimated relative force accuracy = 1.14304e-06 KSpace vectors: actual max1d max3d = 38056 28 92596 Setting up run ... Memory usage per processor = 43.2059 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 0 1373 -nan 0 -nan -nan 182551.45 50 -nan -nan 0 -nan -nan -nan Loop time of 0.211481 on 16 procs for 50 steps with 11508 atoms 就是這兩段出現(xiàn)了問題，但是跑9000個原子 相同的條件下 就可以輸出 |
5樓2014-04-11 19:29:24
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7樓2014-04-11 20:45:43
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8樓2014-04-12 15:38:59
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9樓2014-04-16 14:09:37
感覺調(diào)試時是如履薄冰啊，指不定那就出錯了。祝順利。 10樓2014-04-16 14:22:49
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