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annaatobe銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于使用棉簽/海綿采樣地板/墻面，非培養(yǎng)提取微生物宏基因組轉(zhuǎn)錄組的問題
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我是在工廠的地板、墻角、扶手、排水系統(tǒng)等地方用棉簽/海綿采樣，回實(shí)驗(yàn)室直接提取宏基因組等進(jìn)行全基因測(cè)序，之前沒做過類似的實(shí)驗(yàn)，被采樣和樣品處理的細(xì)節(jié)搞得頭都大了。想問下有人在做這類的實(shí)驗(yàn)嗎？如果有的話是怎么進(jìn)行樣品處理的？ 我現(xiàn)在是想使用預(yù)潤(rùn)濕的棉簽/海綿采樣后，回實(shí)驗(yàn)室處理。加入PBS緩沖液震蕩，轉(zhuǎn)移液體至離心管8000rpm離心10min收集沉淀，如此洗脫三次，取沉淀用于DNA提取。之前沒做過非培養(yǎng)提取，據(jù)說(shuō)要盡量避免樣品中菌的損失，但感覺海綿/棉簽采樣之后損耗率其實(shí)挺大。本來(lái)想過用0.22um濾膜抽濾直接用濾膜進(jìn)行提取，但樣品體積不是非常大，感覺用濾膜和一次性漏斗比較浪費(fèi)，成本太高。 另外我還需要提取宏轉(zhuǎn)錄組，想問問如果有做這方面實(shí)驗(yàn)的人都是如何保護(hù)RNA的？無(wú)論是做大量水樣還是土壤樣品的，在抽濾/沉淀/離心過程中感覺RNA會(huì)降解的挺厲害��？我目前想到的是使用RNA穩(wěn)定劑+低溫儲(chǔ)存 希望大家給點(diǎn)建議和實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)，我被實(shí)驗(yàn)搞得愁死了，搜索文獻(xiàn)的時(shí)候查到的大部分是自然環(huán)境、大體積水樣土壤樣品，以及糞便等樣品，而且很少有實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)。素以求助一下，謝謝各位�。。。� |
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