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NAMD跑動(dòng)力學(xué)模擬的標(biāo)準(zhǔn)流程 已有1人參與
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本人剛剛開(kāi)始接觸NAMD，老師讓跑一個(gè)蛋白， 看了NAMD的教程，有些還是不是很清楚，關(guān)鍵參數(shù)的設(shè)計(jì)，如溶劑化的邊界大小設(shè)置， 配置文件的設(shè)置等，小弟在此請(qǐng)大俠們給個(gè)你們跑動(dòng)力學(xué)的流程 蛋白大約有600個(gè)氨基酸殘基。 主要 pdb文件的處理：怎樣保留金屬離子而去掉水分子 溶劑化：溶劑化邊界大小如何設(shè)定 配置文件：配置文件－樣本 先謝謝啦 |
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2樓2014-04-08 10:43:34
3樓2014-04-08 10:56:50
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-04-08 18:59:03
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-04-08 18:59:03
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4樓2014-04-08 10:58:23
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