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金蟲 (初入文壇)

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[求助] materials-studio軟件計(jì)算氧氣分子能量。已有3人參與

步驟如下：
   1、先構(gòu)建一個(gè)3D Atomistic文件（即構(gòu)建一個(gè)3D物件視窗）；2、在Build——>Crystals——>Build Crystals，這樣就構(gòu)建出了一個(gè)立方晶格空間。這個(gè)你肯定會(huì)。3、Build——>Add Atoms——>選擇O原子，在把xyz坐標(biāo)改為0.5、0.5、0.5，這樣就在立方晶格中央構(gòu)建出了一個(gè)O原子，你再用添加原子的筆在那個(gè)O原子上加上去一個(gè)O原子，就構(gòu)建出了可以計(jì)算氧分子能量的模型。4、單獨(dú)計(jì)算O原子的話，不再添加第二個(gè)O原子就行。

計(jì)算結(jié)果：我用這種方法算了氧氣分子能量。castep文件中final energy=-866eV，是看這個(gè)數(shù)據(jù)嗎？還是看其他的。謝謝了（看別人計(jì)算的，還有文獻(xiàn)上給的能量大約都是8~9ev）

castep文件：

*********************************** Forces ***********************************
*                                                                         *
*                      Cartesian components (eV/A)                      *
* -------------------------------------------------------------------------- *
*                x                   y                   z             *
*                                                                         *
* O       1    -0.00085             0.00568          -0.00079       *
* O       2    0.00085          -0.00568             0.00079       *
*                                                                         *
******************************************************************************

***************** Stress Tensor *****************
*                                              *
*       Cartesian components (GPa)          *
* --------------------------------------------- *
*          x          y          z    *
*                                              *
*  x    -0.018289    0.002225    -0.000730  *
*  y    0.002225    -0.006909    -0.006006  *
*  z    -0.000730    -0.006006    -0.013130  *
*                                              *
*  Pressure: 0.0128                         *
*                                              *
*************************************************

+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS
| Step | lambda | F.delta | enthalpy    | <-- min BFGS
+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS
|  previous  | 0.000000 | 0.000000 |    -866.417494 | <-- min BFGS
| trial step | 1.000000 | 0.000000 |    -866.417497 | <-- min BFGS
+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS

BFGS: finished iteration    4 with enthalpy= -8.66417497E+002 eV

+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
| Parameter |    value    | tolerance | units | OK? | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
|  dE/ion | 1.577937E-006 | 5.000000E-006 |       eV | Yes | <-- BFGS
|  |F|max | 5.800782E-003 | 1.000000E-002 |    eV/A | Yes | <-- BFGS
|  |dR|max  | 3.427978E-005 | 5.000000E-004 |       A | Yes | <-- BFGS
| Smax | 1.828935E-002 | 2.000000E-002 |       GPa | Yes | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS

BFGS: Geometry optimization completed successfully.

================================================================================
BFGS: Final Configuration:
================================================================================

                        -------------------------------
                                    Unit Cell
                        -------------------------------
      Real Lattice(A)             Reciprocal Lattice(1/A)
  10.0007554 0.0004342 0.0009489       0.6282711  -0.0000273  -0.0000596
0.0004342  10.0010894 0.0018433    -0.0000273 0.6282501  -0.0001158
0.0009489 0.0018433  10.0034738    -0.0000596  -0.0001158 0.6281004

                     Lattice parameters(A)    Cell Angles
                  a = 10.000755       alpha = 89.978882
                  b = 10.001090       beta  = 89.989128
                  c = 10.003474       gamma = 89.995024

            Current cell volume = 1000.531886 A**3

                        -------------------------------
                                 Cell Contents
                        -------------------------------

         xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
         x  Element Atom       Fractional coordinates of atoms  x
         x          Number          u       v       w    x
         x----------------------------------------------------------x
         x  O          1       0.515446 0.528133 0.552192 x
         x  O          2       -0.515446  -0.528133  -0.552192 x
         xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

BFGS: Final Enthalpy    = -8.66417497E+002 eV
BFGS: Final <frequency>  =    1.14214 cm-1
BFGS: Final bulk modulus unchanged from initial value

結(jié)構(gòu)圖

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1樓 2014-04-14 21:16:47

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1164028932

金蟲 (初入文壇)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by mywai520 at 2014-04-14 22:50:11
樓主看的沒錯(cuò)，就是final energy

那看別人計(jì)算的，還有文獻(xiàn)上給的能量大約都是8~9ev，怎么差距這么大呀？方法有問題嗎？

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回復(fù)此樓

3樓2014-04-15 10:37:29

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查看全部 8 個(gè)回答

mywai520

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1164028932: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-04-15 10:38:15

樓主看的沒錯(cuò)，就是final energy

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回復(fù)此樓

2樓2014-04-14 22:50:11

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困惑中

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4樓2014-04-23 15:26:12

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【答案】應(yīng)助回帖

我是直接畫兩個(gè)氧原子出來計(jì)算的，然后幾何優(yōu)化就得到結(jié)果是-150.3956335Ha,DMol3 中算的。

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回復(fù)此樓

5樓2014-04-24 11:36:34

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