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little_lion木蟲 (小有名氣)
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[求助]
1-4 interaction between x and y is larger than the 1-4 table size 已有1人參與
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Warning: 1-4 interaction between 471 and 590 at distance inf which is larger than the 1-4 table size 2.200 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size gmx跑md的時候出現(xiàn)這種warning是怎么個意思？怎么解決 |
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6樓2015-10-13 18:29:53
fangsteel
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-04-17 19:01:35
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-04-17 19:01:35
| 這個是你的471號原子和590號原子設(shè)定了1-4相互作用，但是在跑的過程有由于漲落的原因部分原子的運動速度會很快，使得這兩個原子之間的間距超過了1-4相互作用的極限距離了所以給了一個warning。這個waring出現(xiàn)有一定的隨機性的，如果你的體系確定沒有問題，那可以按照他說的增加table size來防止這個waring。可以把你的mdp設(shè)置問題截個圖來看看 |
2樓2014-04-17 10:13:25
little_lion
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我的mdp如下： title = sio2_sol ;define = -DPOSRES cpp = cpp constraints = all-bonds constraint_algorithm = LINCS integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 5000000 ; 10 ns nstxout = 100000 nstvout = 100000 nstfout = 100000 nstlog = 10000 nstenergy = 50000 nstxtcout = 50000 nstlist = 10 ns_type = grid coulombtype = PME rlist = 0.9 rcoulomb = 0.9 rvdw = 1.2 pbc = xyz optimize_fft = yes nstcomm = 1 comm-grps = system ; Berendsen temperature coupling is on tcoupl = v-rescale tc-grps = system tau_t = 0.1 ; 0.1 0.1 ref_t = 298; 298 298 ; Energy monitoring energygrps = system ; Semiisotropic pressure coupling is now on Pcoupl = Berendsen Pcoupltype = isotropic tau_p = 1 ; 1 ; 5 5 5 5 compressibility = 4.5e-5 ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0 0 0 ref_p = 1.0 ; 1.0 ; 1.0 0 0 0 ; Generate velocites is on at 300K. gen_vel = yes gen_temp = 298 gen_seed = 173529 freezegrps =BOT freezedim = Y Y Y |
3樓2014-04-17 10:49:18
fangsteel
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4樓2014-04-17 11:08:57
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