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茗梵鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
Pb2H4優(yōu)化選擇什么基組合適 已有2人參與
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| 優(yōu)化出pb2h4，并可以用AIM正確分析Pb-Pb鍵，求大神幫忙 |
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茗梵: 金幣+5, ★★★很有幫助, 很熱心，三克油 2014-04-21 16:04:24
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| Pb是第六周期元素所以要用贗勢基組用的比較多的就是sdd、lanl2dz和def2-TZVPP等等，你可以到EMSL（https://bse.pnl.gov/bse/portal）上選擇，而對于氫，則可以用大一點(diǎn)的全電子基組，如果aug-cc-pvtz或者6-311++g（2d，p）等等啦！至于你說要做AIM分析，不建議用高斯去做，一方面用高斯做AIM經(jīng)常出錯(cuò)，而且對于有贗勢的體系處理是個(gè)big bug，在保留chk文件之后轉(zhuǎn)換成.fch文件，放到Multiwfn做拓?fù)浞治觯?a href="http://www.gaoyang168.com/bbs/url.php?s=aHR0cDovL2hpLmJhaWR1LmNvbS9zb2JlcmV2YS9pdGVtLzg5NmVlM2ExOWY2ZDdkM2MwMjBhNGQ3Ng%3D%3D&_s=8126ce6c69cf12a4#opennewwindow" target="_blank" rel="nofollow">http://hi.baidu.com/sobereva/item/896ee3a19f6d7d3c020a4d76。這里面有Sob姐關(guān)于Multiwfn的詳細(xì)教程，很簡單的！ |
2樓2014-04-18 17:06:57
茗梵
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4樓2014-04-20 21:54:59
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永遠(yuǎn)的跳跳糖
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7樓2014-04-21 15:35:38
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建議對Pb用cc-pVTZ-PP贗勢基組，對H用cc-pVTZ 之所以用cc-pVTZ-PP而不是其它的贗勢基組，是因?yàn)镾DD、lanl2DZ、lanl08之類贗勢基組都是大核的，表現(xiàn)不了Pb的亞價(jià)層電子，這樣會導(dǎo)致AIM分析不準(zhǔn)確。詳見此文討論《在贗勢下做波函數(shù)分析的一些說明》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/ed2f57e743c1be11595dd8c8） 另外，也可以在贗勢下優(yōu)化結(jié)構(gòu)（不限于cc-pVTZ-PP），最后對Pb用SARC-DKH結(jié)合int=dkh2來做全電子相對論計(jì)算。這樣的好處是可以把內(nèi)核電子表現(xiàn)出來，做AIM分析時(shí)會比較方便（優(yōu)化時(shí)就在這個(gè)級別也可以，但是注意DKH2沒有解析梯度）。 如前面回復(fù)所述，做AIM分析用Multiwfn就行了。AIM拓?fù)浞治隹蓞⒖肌妒褂肕ultiwfn做拓?fù)浞治鲆约坝?jì)算孤對電子角度》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/c84fa5089156806dd55a11c3），AIM盆分析可參考手冊4.17.1節(jié)。 |
8樓2014-04-21 16:16:22
sobereva
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對于虛頻問題，在使用上述基組基礎(chǔ)上，注意優(yōu)化時(shí)加上opt=tight或verytight關(guān)鍵詞，當(dāng)使用DFT時(shí)，結(jié)合int=ultrafine。如果虛頻還在，在之前優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)上加上opt=calcall繼續(xù)優(yōu)化，雖然昂貴，但必定能解決虛頻問題。 虛頻和基組沒有必然關(guān)系，只要充分優(yōu)化好，就不會有虛頻。 另外，對氫不建議用aug-cc-pVDZ，因?yàn)楸囟ńY(jié)果不如cc-pVTZ，彌散函數(shù)對于氫原子幾乎起不到任何用處。 |
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茗梵9樓2014-04-21 16:20:08
10樓2014-04-21 21:17:09
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