問天麥餅

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[求助] 分析z方向的電荷轉(zhuǎn)移的工具已有1人參與

正在用vasp做表面體系，想做出差分電荷密度數(shù)值隨z變化的關(guān)系圖，以反映表面加上O缺陷后電荷轉(zhuǎn)移的情況，如圖1�，F(xiàn)在搜到一下幾種軟件：
1.VASPview。我不太會(huì)用，只能看到它會(huì)做截面。到底能不能做電荷密度在某一個(gè)方向上的分布呢？
2.VESTA 和上一個(gè)軟件一樣，我在Utilities- 2D data display中只能看到截面，如圖2，但是如何做圖1那樣的圖呢？
3.是否有其它軟件？

1.png

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1樓 2014-04-20 16:11:05

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franch: 金幣+10, 謝謝提供腳本。。 2014-04-21 23:53:29
問天麥餅: 金幣+10 2014-04-23 10:05:33
franch: 回帖置頂 2014-05-05 22:58:19

這個(gè)圖需要自己寫腳本解決，我這里寫了一個(gè)python,借你用用。
#!/usr/bin/env python

from chargedensity import *
import numpy as np

a = ChargeDensity("CHG",format_="chgcar"

den_z = a.integrate_z_density()
z_pos = np.linspace(0,a.unitcell.cell_vec[2,2],len(den_z))
print len(den_z)
for i in range(len(den_z)):
print z_pos,den_z

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2樓2014-04-20 18:14:07

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問天麥餅

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引用回帖:

2樓: Originally posted by mywai520 at 2014-04-20 18:14:07
這個(gè)圖需要自己寫腳本解決，我這里寫了一個(gè)python,借你用用。
#!/usr/bin/env python

from chargedensity import *
import numpy as np

a = ChargeDensity("CHG",format_="chgcar"

...

python神馬的不懂……能寫成個(gè)bash嗎？

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3樓2014-04-20 21:25:56

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3樓: Originally posted by 問天麥餅 at 2014-04-20 21:25:56
python神馬的不懂……能寫成個(gè)bash嗎？

...

那就復(fù)雜了，bash沒有庫(kù)函數(shù)可以調(diào)用，這里調(diào)用了numpy

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4樓2014-04-20 22:54:21

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【答案】應(yīng)助回帖

不懂可以去學(xué)習(xí)一下，學(xué)過編程的，值需要看一下基本說明就能懂。

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5樓2014-04-20 22:54:59

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5樓: Originally posted by mywai520 at 2014-04-20 22:54:59
不懂可以去學(xué)習(xí)一下，學(xué)過編程的，值需要看一下基本說明就能懂。

因?yàn)橐趌inux下使用，所以要寫成bash

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6樓2014-04-21 15:06:41

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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。 2014-04-21 23:54:12

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6樓: Originally posted by 問天麥餅 at 2014-04-21 15:06:41
因?yàn)橐趌inux下使用，所以要寫成bash...

python腳本就是linux下的，計(jì)算很少用windows。
windows下用python的也少。

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7樓2014-04-21 16:14:36

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7樓: Originally posted by mywai520 at 2014-04-21 16:14:36
python腳本就是linux下的，計(jì)算很少用windows。
windows下用python的也少。...

CHGCAR后面那5列數(shù)據(jù)分別是什么含義？我可不可以直接用origin相減來知道差分密度。但是具體要用哪一列的差，哪一列是z的數(shù)據(jù)呢？

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8樓2014-04-21 16:38:39

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8樓: Originally posted by 問天麥餅 at 2014-04-21 16:38:39
CHGCAR后面那5列數(shù)據(jù)分別是什么含義？我可不可以直接用origin相減來知道差分密度。但是具體要用哪一列的差，哪一列是z的數(shù)據(jù)呢？...

這個(gè)我沒有去想，你不想用就自己寫腳本吧。到此為止。你可以問問你的師兄弟，不能當(dāng)面講很多都是說不清楚的。

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9樓2014-04-21 16:44:44

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5樓: Originally posted by mywai520 at 2014-04-20 22:54:59
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我現(xiàn)在用matlab寫出腳本了，將數(shù)據(jù)在同一個(gè)z點(diǎn)處的x,y方向上的求和，這樣就得到了僅沿z方向的電荷密度。接下來怎么作圖呢？CHGCAR是在FFT-grid上的，怎么對(duì)應(yīng)到實(shí)空間呢？

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10樓2014-04-25 21:47:56

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