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zhuimeng08銀蟲 (正式寫手)
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gromacs 用GPU版本 跑動力學(xué) 已有2人參與
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; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 500000000 ; 2 * 500000000 = 1000000 ps (1000 ns) dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstxout = 2500000 ; nstvout = 2500000 ; nstenergy = 5000 ; save energies every 10 ps nstlog = 5000 ; update log file every 10 ps nstxtcout = 5000 ; write .xtc trajectory every 10 ps energygrps = Protein_HEM CLA ; Bond parameters continuation = yes ; first dynamics run constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 5 ; 10 fs rlist = 0.9 ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb = 0.9 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.4 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein_HEM_CLA Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling pcoupl = Parrinello-Rahman ; pressure coupling is on for NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel = no ; assign velocities from Maxwell distribution 有些參數(shù)自己修改吧 |
2樓2014-04-22 16:11:57
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3樓2014-04-22 18:33:30
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