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核苷酸質(zhì)譜 已有1人參與
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搞生物的，理化基礎(chǔ)太差，問(wèn)幾個(gè)問(wèn)題： Nucleosides were separated by reverse phase ultra-performance liquid chromatography on a C18 column with online mass spectrometry detection using Agilent 6410 QQQ triple-quadruple LC mass spectrometer in positive electrospray ionization mode. The nucleosides were quantified using the nucleoside to base ion mass transitions of 282.1/ 150.1 (m6A), 268.1/136.1 (A), 244.1/112.1 (C), 284.1/152.1 (G), and 245.1/113.1 (U). Quantification was performed by comparison with the standard curve obtained from pure nucleoside standards running at the same batch of samples. The ratio of m6A to A was calculated based on the calculated concentrations 這段話(huà)大概表面意思我懂，一些具體問(wèn)題 1，反向HPLC是不是就可以把各種不同堿基的核苷酸分開(kāi)？比如這里列的m6A，A，C，G，U？ 2，positive electrospray ionization mode這是個(gè)什么意思，通俗易懂一點(diǎn)。 3，質(zhì)譜對(duì)同分異構(gòu)體怎么區(qū)分？比如m6A，和m1A。 4，是不是理論上質(zhì)譜可以檢測(cè)所有的未知物質(zhì)？比如我的樣品中，要是還有不是這5種的其他類(lèi)型核苷酸，我能知道他是什么嗎？ 比如以下這些類(lèi)型的分子： 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg |
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7樓2014-04-25 15:56:31
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| LC/MS用ESI離子源，不會(huì)產(chǎn)生和EI這么小的碎片離子峰，正離子模式只產(chǎn)生準(zhǔn)分離子峰，也就是[M+H]+、【[M+Na]+等，想要知道碎片的，只能找到母離子，做二級(jí)或多級(jí)質(zhì)譜 |
8樓2014-04-26 10:42:29
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1，反向HPLC是不是就可以把各種不同堿基的核苷酸分開(kāi)？比如這里列的m6A，A，C，G，U？ 可以分開(kāi) 2，positive electrospray ionization mode這是個(gè)什么意思，通俗易懂一點(diǎn)。 正離子模式，質(zhì)譜是檢測(cè)質(zhì)核比的儀器因此被檢測(cè)的離子必須能帶電，正離子模式就是讓你的檢測(cè)物帶正電荷。 3，質(zhì)譜對(duì)同分異構(gòu)體怎么區(qū)分？比如m6A，和m1A。 同分異構(gòu)體太寬泛了有的質(zhì)譜能分開(kāi)有的分不開(kāi)，具體取決于分子在質(zhì)譜中怎么碎裂，同分異構(gòu)體之間能否產(chǎn)生不同的離子碎片，如果可以就能區(qū)分。一般的C18色譜柱可以區(qū)分結(jié)構(gòu)不同的同分異構(gòu)體以及順?lè)串悩?gòu)體，但是不能區(qū)分旋光異構(gòu)體。 4，是不是理論上質(zhì)譜可以檢測(cè)所有的未知物質(zhì)？比如我的樣品中，要是還有不是這5種的其他類(lèi)型核苷酸，我能知道他是什么嗎？ 想檢測(cè)你上面提到的那幾種物質(zhì)你必須要買(mǎi)那幾種物質(zhì)的對(duì)照品，根據(jù)對(duì)照品的色譜行為和質(zhì)譜行為來(lái)建立你的檢測(cè)方法，文獻(xiàn)上的條件只能做個(gè)參考，照搬一定會(huì)悲劇。 質(zhì)譜可以檢測(cè)未知物，但是這是一個(gè)非常復(fù)雜的問(wèn)題，幾句話(huà)講不清。簡(jiǎn)單回答就是對(duì)于樓主現(xiàn)在的情況來(lái)說(shuō)你可以認(rèn)為質(zhì)譜不能檢測(cè)未知物。 |
10樓2014-04-27 11:35:06
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positive electrospray ionization mode這是個(gè)什么意思，通俗易懂一點(diǎn)。 答：正離子模式，意思是使樣品得到一個(gè)質(zhì)子，帶上正電荷，生成準(zhǔn)分子離子 |
2樓2014-04-25 14:30:24
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質(zhì)譜對(duì)同分異構(gòu)體怎么區(qū)分？比如m6A，和m1A。 答：對(duì)于不同的結(jié)構(gòu)會(huì)有不同的裂解方式，根據(jù)裂解方式來(lái)做以區(qū)分 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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1.通過(guò)HPLC不同的色譜柱兩個(gè)化合物可以分開(kāi)，那個(gè)峰是那個(gè)化合物可以采用標(biāo)樣對(duì)照看Rt確認(rèn)。 2.而進(jìn)入質(zhì)譜后由于化合物具有不同的結(jié)構(gòu)所以其裂解方式不同，質(zhì)譜圖會(huì)有差異，根據(jù)其碎片離子峰來(lái)做以確認(rèn)。 3.對(duì)于順?lè)串悩?gòu)體，可能質(zhì)譜無(wú)法區(qū)別，因?yàn)榱呀獾乃槠疽恢�，只是豐度稍有差異而已，這個(gè)就需要液相做以區(qū)分，用手性色譜柱分離開(kāi)。 |
6樓2014-04-25 15:41:40
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請(qǐng)問(wèn)兩個(gè)問(wèn)題： 1，ESI離子化時(shí)，核苷的糖苷鍵一定會(huì)斷裂么？ 2，斷開(kāi)之后，核苷的堿基部分有basic site，可以質(zhì)子化，但核苷的核糖部分可以可以質(zhì)子化形成pseudo molecular ion，得到MS peak？ 見(jiàn)附圖 第一個(gè)圖，是m6G的ESI-MS結(jié)果，圖中顯示m6G（MW 297.2）除了MH+的主峰外，還有BH2（166）的峰，表示在m6G在糖苷鍵發(fā)生了斷裂。 第二個(gè)圖，是一段核苷酸，m2^6Apm2^6pApCpCpUpGp（MW 1989.2），從插圖的主峰放大的同位素小峰間隔0.5 Da【是這樣算吧？】，得出這是一個(gè)z=2的離子，這個(gè)離子的m/z=995.68，正好就是這段核苷酸的完整分子量，加兩個(gè)H，等于這個(gè)情況下的核苷酸并沒(méi)有發(fā)生糖苷鍵斷裂。 糖苷鍵斷裂不斷裂，是可以人為控制得么？ 第一個(gè)圖中，核苷斷裂之后，只看到堿基部分的峰，而核糖沒(méi)有峰出現(xiàn)，可以理解為核糖沒(méi)有basic site，無(wú)法質(zhì)子化，是一個(gè)中性分子，最終丟掉了么？ 一直為搞生物的不懂理化而自慚形愧，一直試圖改變這種面貌，無(wú)賴(lài)搞生物的確實(shí)是不同理化而難有進(jìn)展，望賜教！ m7G.jpg 2m6Ap2m6ApApCpCpUpGp.jpg |
9樓2014-04-26 22:23:18
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