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xjmayuan銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
已知不同群體間基因座等位基因頻率，如何求Fst和p值
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看了很多文獻(xiàn)，群體間比較時(shí)Fst和p值是用Arlequin計(jì)算了，我按照Arlequin里的Frequncy的案例編了arp文件，運(yùn)行計(jì)算的Fst和p值怎么就跟table 3中的值不一樣呢，哪位使用過(guò)Arlequin的朋友請(qǐng)幫忙看看，怎么做出一樣的結(jié)果呢？是我編得文件不對(duì)？另在Arlequin的settings中我是勾選了Population compaisons的compute pairwise Fst，到底是哪一塊出了問(wèn)題呢？先謝了！ 1.jpg 3.jpg 4.jpg |
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xjmayuan
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[Profile] Title="Y chromosome microsatellite data scored as allele frequencies" #Reference: # Skorecki et al. (1997) Y chromosome of Jewish priests. Nature 385:32. NbSamples=3 DataType=FREQUENCY GenotypicData=0 LocusSeparator=' ' MissingData="?" Frequency= REL [Data] #Commented microsatellite haplotype definition. Not necessary here # [[HaplotypeDefinition]] # # HaplListName="D2S441 haplotypes on Y chromosome" # HaplList={ # 1 Yap- A # 2 Yap- B # 3 Yap- C # } [[Samples]] SampleName="Turkey" SampleSize=300 SampleData= { 1 0 2 0 3 0.1417 4 0.375 5 0.0467 6 0.08 7 0 8 0.0283 9 0.0017 10 0.2717 11 0.055 12 0 } SampleName="Ghana" SampleSize=201 SampleData= { 1 0.0025 2 0.05 3 0.0597 4 0.3706 5 0.0348 6 0.1641 7 0 8 0.0746 9 0.0124 9 0.2338 11 0.0348 12 0.0075 } SampleName="Morocco" SampleSize=86 SampleData= { 1 0 2 0 3 0.0988 4 0.2616 5 0.1105 6 0.0349 7 0 8 0.0349 9 0.0058 10 0.3547 11 0.0988 12 0 } |
2樓2014-04-25 18:55:06
xjmayuan
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3樓2014-04-25 18:56:14
candyshan
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