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ChemiAndy

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-05-16 20:11:27

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10樓: Originally posted by yongning88 at 2014-05-05 15:14:56
對(duì)于我問(wèn)題中給出的對(duì)勢(shì)公式和擬合出來(lái)的參數(shù)值，我用MATLAB從r=0開(kāi)始算了下，如圖5所示，這個(gè)關(guān)于r的函數(shù)就沒(méi)有峰值，也就是從無(wú)窮大趨向于零。如果我要用這個(gè)公式來(lái)建立一個(gè)勢(shì)函數(shù)文件，需要從r=0，dr=0.0134A， ...

貌似樓主的主要困惑是他得到的勢(shì)能曲線(xiàn)在 r< 0.67 下與文獻(xiàn)結(jié)果不一致。特別是，paper給出的曲線(xiàn)是無(wú)窮大，但LAMMPS得到的卻是向下的。各位回答強(qiáng)調(diào)6<0.67A下沒(méi)有意義，因?yàn)閷?shí)際模擬當(dāng)中原子間距不可能這么小，但是，仍然沒(méi)有解決樓主的困惑。

我的意見(jiàn)是你的計(jì)算中肯定有哪個(gè)地方出錯(cuò)了，或者沒(méi)有完全理解文獻(xiàn)的意思。比如，你給出的圖3和圖5，勢(shì)能最低點(diǎn)明顯不一致。圖5很可能只是用來(lái)作者用來(lái)示意勢(shì)能函數(shù)中排斥部分的。如果加上吸引部分，總勢(shì)能很有可能得到類(lèi)似你圖4的曲線(xiàn)，但我也不確信你的matlab計(jì)算是否完全follow了文獻(xiàn)的公式。圖2參數(shù)表給出的參數(shù)，有幾個(gè)明顯沒(méi)有出現(xiàn)在圖1的公式當(dāng)中，你是否遺漏了什么？

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11樓2014-05-12 08:11:56

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yongning88

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引用回帖:

11樓: Originally posted by ChemiAndy at 2014-05-12 08:11:56
貌似樓主的主要困惑是他得到的勢(shì)能曲線(xiàn)在 r< 0.67 下與文獻(xiàn)結(jié)果不一致。特別是，paper給出的曲線(xiàn)是無(wú)窮大，但LAMMPS得到的卻是向下的。各位回答強(qiáng)調(diào)6<0.67A下沒(méi)有意義，因?yàn)閷?shí)際模擬當(dāng)中原子間距不可能這么小 ...

謝謝您的回答，我只列出了對(duì)勢(shì)求解的公式，對(duì)于電子密度和嵌入式能的公式?jīng)]有給出，這就是為什么有的參數(shù)在公式上沒(méi)有出現(xiàn)，
matlab計(jì)算沒(méi)有問(wèn)題，我特意取了個(gè)值手算了一下，結(jié)果是一樣的。
我把文獻(xiàn)帖出來(lái)，希望您能給點(diǎn)意見(jiàn)

Structural stability and lattice defects in copper: Ab initio, tight-binding,
and embedded-atom calculations

PDF文件怎么上傳？？？

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12樓2014-05-12 15:00:16

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附件 1 : Structuralstabilityandlatticedefectsincopper.pdf

2014-05-12 15:08:48, 253.61 K

13樓2014-05-12 15:09:19

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【答案】應(yīng)助回帖

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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2014-05-16 20:11:38

我的意思是你根本不要糾結(jié)r很小的地方的勢(shì)函數(shù)的值。文獻(xiàn)中的圖就沒(méi)有給出來(lái)r<2的地方的情況，所以你做圖也要照著文獻(xiàn)上一樣的范圍作圖才能有比較。像你這么作圖，r 很小的地方排斥勢(shì)很強(qiáng)，勢(shì)函數(shù)中有用的部分全部被掩蓋掉了。

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14樓2014-05-14 08:32:43

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14樓: Originally posted by 老虎大王 at 2014-05-14 08:32:43
我的意思是你根本不要糾結(jié)r很小的地方的勢(shì)函數(shù)的值。文獻(xiàn)中的圖就沒(méi)有給出來(lái)r<2的地方的情況，所以你做圖也要照著文獻(xiàn)上一樣的范圍作圖才能有比較。像你這么作圖，r 很小的地方排斥勢(shì)很強(qiáng)，勢(shì)函數(shù)中有用的部分全 ...

那我可不可以理解為在構(gòu)架勢(shì)函數(shù)時(shí)，對(duì)勢(shì)和電子密度中的r 的值是以 2 為起始點(diǎn)，然后逐漸增長(zhǎng)到截?cái)喟霃剑?

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15樓2014-05-14 09:06:35

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15樓: Originally posted by yongning88 at 2014-05-14 09:06:35
那我可不可以理解為在構(gòu)架勢(shì)函數(shù)時(shí)，對(duì)勢(shì)和電子密度中的r 的值是以 2 為起始點(diǎn)，然后逐漸增長(zhǎng)到截?cái)喟霃剑?..

No No No，是不是以2為起始點(diǎn)我們不知道。光知道人家只顯示了這以后的部分。你要比較的話(huà)，也只需要比較這以后的部分。

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16樓2014-05-14 09:12:59

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16樓: Originally posted by 老虎大王 at 2014-05-14 09:12:59
No No No，是不是以2為起始點(diǎn)我們不知道。光知道人家只顯示了這以后的部分。你要比較的話(huà)，也只需要比較這以后的部分。...

謝謝您的回復(fù)，其他的都明白了，可現(xiàn)在還是不明白的是，如果勢(shì)函數(shù)不能取很大，也就是 r 的值不能太小，但構(gòu)件勢(shì)函數(shù)文件時(shí)，r得以零為起點(diǎn)，那對(duì)于這個(gè)部分的勢(shì)函數(shù)值怎么得到？

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17樓2014-05-14 21:28:31

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月只藍(lán): 金幣+10, 感謝指導(dǎo)！ 2014-05-16 20:11:55

引用回帖:

17樓: Originally posted by yongning88 at 2014-05-14 21:28:31
謝謝您的回復(fù)，其他的都明白了，可現(xiàn)在還是不明白的是，如果勢(shì)函數(shù)不能取很大，也就是 r 的值不能太小，但構(gòu)件勢(shì)函數(shù)文件時(shí)，r得以零為起點(diǎn)，那對(duì)于這個(gè)部分的勢(shì)函數(shù)值怎么得到？...

這個(gè)，我想，我已經(jīng)說(shuō)得比較清楚了。可是你好像還是不大清楚�，F(xiàn)在我給你一個(gè)例子，比如說(shuō)，我要對(duì)某種立方晶體擬合L-J勢(shì)函數(shù)的參數(shù)： E=(A/r)^6-(B/r)^12，要擬合的就是A和B兩個(gè)參數(shù)。我選擇晶體的結(jié)合能Ec，晶胞體積V0，體彈性模量B，以及彈性系數(shù)C11和C12等來(lái)做為擬合目標(biāo)。擬合之后：
1）我獲得了A和B的值�，F(xiàn)在我的勢(shì)函數(shù)就完整了。
2）現(xiàn)在我做E-r圖。做為一個(gè)數(shù)學(xué)函數(shù)，r 可以從零取到無(wú)窮大，都有對(duì)應(yīng)的E值。
3）但是對(duì)于我的模擬工作來(lái)說(shuō)，r很小的時(shí)候，雖然有對(duì)應(yīng)的E值，但這些值在模擬上是用不到的。r很大的時(shí)候，同樣如此。
4）我發(fā)表這個(gè)勢(shì)函數(shù)的曲線(xiàn)圖的時(shí)候，我不需要從r=0開(kāi)始畫(huà)圖，并且我要避免從r=0開(kāi)始畫(huà)圖。因?yàn)閞很小的時(shí)候，勢(shì)能非常大，比如在30000以上，這樣我就需要把縱坐標(biāo)范圍定得很大，這就把后面實(shí)際上有用的部分掩蓋掉了，后面的E值的波動(dòng)在圖上就反映不出來(lái)了。
5）所以我畫(huà)圖的時(shí)候，要從某個(gè)r值開(kāi)始畫(huà)，這個(gè)時(shí)候，E值還是比較大，但是能夠保證我后面的E值的波動(dòng)可以清楚地顯示。
6）這就是你看到的文獻(xiàn)的圖上，r不從零畫(huà)的原因。

總結(jié)一下，
我沒(méi)有說(shuō)勢(shì)函數(shù)不能取很大，我是說(shuō)兩點(diǎn)：
A) 作圖的時(shí)候，如果把r 很小的時(shí)候的勢(shì)函數(shù)曲線(xiàn)作出來(lái)，縱坐標(biāo)范圍就要定得很大，后面的E值的波動(dòng)在圖上就反映不出來(lái)了，而只有后面的E值才對(duì)于模擬是真正有用的。
B） r很小的時(shí)候，模擬上用不到，所以你根本不要去糾結(jié)r很小時(shí)候的勢(shì)能的情況，你計(jì)算勢(shì)函數(shù)值的時(shí)候，要把精力放在后面的部分。后面的部分和文獻(xiàn)一致了，你就算對(duì)了，后面的部分和文獻(xiàn)不一致，那么說(shuō)明你和文獻(xiàn)作者之間至少有一方出錯(cuò)了。但是前面的r很小的部分的一致性是不需要考慮的。

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18樓2014-05-15 08:25:12

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【答案】應(yīng)助回帖

至于Lammps的勢(shì)函數(shù)數(shù)值文件要求r從零開(kāi)始，那你完全可以按照勢(shì)函數(shù)公式計(jì)算對(duì)應(yīng)的能量值，那當(dāng)然是沒(méi)有問(wèn)題的，但是r很小的時(shí)候你也可以不按勢(shì)函數(shù)公式取值，對(duì)模擬結(jié)果不會(huì)有影響。

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19樓2014-05-15 08:29:00

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19樓: Originally posted by 老虎大王 at 2014-05-15 08:29:00
至于Lammps的勢(shì)函數(shù)數(shù)值文件要求r從零開(kāi)始，那你完全可以按照勢(shì)函數(shù)公式計(jì)算對(duì)應(yīng)的能量值，那當(dāng)然是沒(méi)有問(wèn)題的，但是r很小的時(shí)候你也可以不按勢(shì)函數(shù)公式取值，對(duì)模擬結(jié)果不會(huì)有影響。

那您的意思是不是：人為隨便的給出相應(yīng)的值，只要不是很大就行了，反正對(duì)模擬結(jié)果也不會(huì)有影響。

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20樓2014-05-15 12:44:17

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