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136zhangpong新蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于運(yùn)行MMPBSA/GBSA的Decomposition時(shí)設(shè)置&gb的介電常數(shù)問題
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| 本人最近在用MMPBSA/GBSA的Decomposition時(shí)，想改變外部溶劑的介電常數(shù)，gb和pb都改；在gb中外部溶劑的介電常數(shù)用的參數(shù)為extdiel=4,內(nèi)部溶質(zhì)的介電常數(shù)用的參數(shù)為intdiel=1.0,在pb中外部溶劑中的介電常數(shù)用的參數(shù)為exdi=4,內(nèi)部溶質(zhì)的介電常數(shù)用的參數(shù)為indi=1.0；運(yùn)行后總是報(bào)錯(cuò)：Unrecognized variable (extdiel) in namelist (gb)! Unrecognized variable (intdiel) in namelist (gb)! ；之后我不在&gb里面設(shè)置，只在&pb里面設(shè)置，發(fā)現(xiàn)沒有問題了，但只有pb算出來的才和普通的（沒有改變過介電常數(shù)的MMPBSA計(jì)算結(jié)果）有變化；gb和普通的結(jié)果一樣，因?yàn)闆]有設(shè)置介電常數(shù)；現(xiàn)在我想知道這個(gè)gb里的介電常數(shù)該怎么設(shè)才不會(huì)出問題；這個(gè)參數(shù)我都是在教程里找的，pb的沒有報(bào)錯(cuò)，gb的報(bào)錯(cuò)了。 |
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