chixl

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我有一個(gè)晶體，基本結(jié)構(gòu)解好，但是最后checkif時(shí)有兩個(gè)A類(lèi)錯(cuò)誤
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H2A ..  H22A ..    1.47 Ang.
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H4A ..  H17A ..    1.78 Ang.
PLAT411 Type_2 Test for short non-bonding inter H..H contacts
Short intermolecular H..H contacts may indicate incorrectly determined
structures (i.e. wrong symmetry, missed translation symmetry, wrong position
with reference to the symmetry elements, hydrogen atoms on atoms where there
should not be any  etc..)
Short intermolecular contacts may be indicative for inconsistent symmetry
data (e.g. coordinates for space-group P43 and symmetry specified as P41 or
P21/n & P21/c confusions). Short contacts are defined using a van der Waals
radius of 1.2 Angstrom. For intermolecular contacts, an alert is generated
for contacts less than 2.4 Angstrom.
曾嘗試?yán)碚摷託湟约岸≦加氫都未解決，在ins文件中dfix 0.97 0.01 C(?)  H(?)dfix 1.37 0.02 H(?)  H(?)也未解決，請(qǐng)教大家，這個(gè)問(wèn)題該怎樣解決？謝謝。

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1樓 2014-05-04 17:00:57

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nokian1985

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HH距離太近，需要重新加氫

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2樓2014-05-04 20:41:54

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jackdeng

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出錯(cuò)誤的是c上的氫嗎？應(yīng)該理論加就可以了，這么近的距離應(yīng)該不是無(wú)序造成的，是不是氫原子本身的問(wèn)題��？比如不應(yīng)該出現(xiàn)這個(gè)H。

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3樓2014-05-04 21:29:50

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chixl

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3樓: Originally posted by jackdeng at 2014-05-04 21:29:50
出錯(cuò)誤的是c上的氫嗎？應(yīng)該理論加就可以了，這么近的距離應(yīng)該不是無(wú)序造成的，是不是氫原子本身的問(wèn)題��？比如不應(yīng)該出現(xiàn)這個(gè)H。

嗯，是C上的氫，都是六圓環(huán)上的氫，這個(gè)氫應(yīng)該是存在的，嘗試過(guò)理論加氫，還是存在這個(gè)問(wèn)題啊

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4樓2014-05-05 08:16:51

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2樓: Originally posted by nokian1985 at 2014-05-04 20:41:54
HH距離太近，需要重新加氫

我嘗試過(guò)理論加氫和定Q加氫都存在這個(gè)問(wèn)題，需要再多長(zhǎng)幾個(gè)Q，再重新加嗎？

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5樓2014-05-05 08:18:05

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jackdeng

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5樓: Originally posted by chixl at 2014-05-05 08:18:05
我嘗試過(guò)理論加氫和定Q加氫都存在這個(gè)問(wèn)題，需要再多長(zhǎng)幾個(gè)Q，再重新加嗎？...

如果是六圓環(huán)上的氫，那就應(yīng)該看看是不是結(jié)構(gòu)的問(wèn)題了，C上的氫應(yīng)該用理論加氫的方法。

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6樓2014-05-05 08:30:54

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