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環(huán)己烷在gromacs中的gromos45a3力場中的itp文件怎么寫？ 已有1人參與
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想用gromacs中的gromos45a3力場算一個(gè)環(huán)己烷的體系，但是自己寫了一個(gè)環(huán)己烷的itp文件，grompp時(shí)在報(bào)錯(cuò)，不知道問題出在哪里？格式不對么？求指教。。。 [ moleculetype ] ;Name nrexcl CYLH 3 [ atoms ] CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 CH2 CH2 0.0 0 [ bonds ] CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 CH2 CH2 gb_26 [ angles ] CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 CH2 CH2 CH2 ga_14 [ dihedrals ] CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 CH2 CH2 CH2 CH2 gd_17 圖片1.png |
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2樓2014-05-06 11:28:40
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我按著格式修改后，mdrun后體系膨脹了，用的是npt系綜，密度只有5.4kg/m3，而環(huán)己烷的是密度是779呢？問題出在哪里呢？求指教 ~~~~(>_<  ~~~~ [moleculetype ] ;Name nrexcl CYLH 3 [ atoms ] ; nr at type res nr residu name at name cg nr charge 1 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 2 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 3 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 4 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 5 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 6 CH2 1 CYLH C2 1 0.0 14.027 [ bonds ] ; i j funct length force.c. 1 2 1 0.1530 7.1500e+06 2 3 1 0.1530 7.1500e+06 3 4 1 0.1530 7.1500e+06 4 5 1 0.1530 7.1500e+06 5 6 1 0.1530 7.1500e+06 6 1 1 0.1530 7.1500e+06 [ angles ] ; i j k funct angle force.c. 1 2 3 1 111.00 530.00 2 3 4 1 111.00 530.00 3 4 5 1 111.00 530.00 4 5 6 1 111.00 530.00 5 6 1 1 111.00 530.00 6 1 2 1 111.00 530.00 [ dihedrals ] ; i j k l funct phi cp mult 1 2 3 4 1 0.000 5.92 3 2 3 4 5 1 0.000 5.92 3 3 4 5 6 1 0.000 5.92 3 4 5 6 1 1 0.000 5.92 3 5 6 1 3 1 0.000 5.92 3 6 1 2 3 1 0.000 5.92 3 |
3樓2014-05-08 08:32:21
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4樓2014-05-08 12:06:32
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T= 300K, 分子數(shù)目512 這是mdp文件 include = define = integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 10000000 comm-mode = Linear nstcomm = 10 nstlog = 1000 nstcalcenergy = -1 nstenergy = 1000 nstxout = 0 nstvout = 0 nstfout = 0 nstxtcout = 1000 xtc-precision = 1000 energygrps = CYLH nstlist = 10 ns_type = grid pbc = xyz rlist = 0.8 coulombtype = cutoff rcoulomb-switch = 0 rcoulomb = 0.8 vdw-type = cutoff rvdw-switch = 0 rvdw = 0.8 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-05 ewald_geometry = 3dc epsilon_surface = 0 optimize_fft = yes Tcoupl = nose-hoover nhchainlength = 1 tc-grps = system tau_t = 0.4 ref_t = 300 ;Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = isotropic tau_p = 2.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.01325 andersen_seed = 815131 gen_vel = no gen_temp = 300.0 gen_seed = 173529 constraints = all-bonds |
5樓2014-05-08 16:46:28
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6樓2014-05-08 21:06:36
7樓2014-05-13 14:55:06
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【答案】應(yīng)助回帖
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月只藍(lán): 金幣+1, 應(yīng)助指數(shù)+1, 鼓勵(lì)交流 2014-05-16 19:52:50
月只藍(lán): 金幣+1, 應(yīng)助指數(shù)+1, 鼓勵(lì)交流 2014-05-16 19:52:50
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其實(shí)，gromacs處理這種問題，一直覺得有點(diǎn)問題，你這里的分子應(yīng)該是已經(jīng)是氣態(tài)了，但是環(huán)己烷在300K下應(yīng)該是液態(tài)的，體積不會(huì)那么大。而且如果是512個(gè)分子就算是氣態(tài)換算成標(biāo)準(zhǔn)狀態(tài)下下的體積也不會(huì)那么大，數(shù)量級一樣，但是還是比那個(gè)大三、四倍，不合理的。 |
8樓2014-05-13 15:48:01
9樓2014-05-14 10:10:23
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10樓2014-05-14 10:41:59
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