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HOLLYHUI金蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何發(fā)現(xiàn)新基因 已有3人參與
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| 本人的研究方向是細(xì)菌降解木質(zhì)素，課題組篩選出一株新菌能夠降解木質(zhì)素，已經(jīng)對其進行了全基因組測序，并且數(shù)據(jù)已經(jīng)整理好，但是如何在龐大的數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)參與木質(zhì)素降解的新基因，求高手指點，萬分感謝！ |
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geminiooalh
鐵蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
kx444555: 金幣+4, 鼓勵交流 2014-05-13 13:40:27
kx444555: 金幣+4, 鼓勵交流 2014-05-13 13:40:27
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最近也遇到這個問題。 大概查了下文獻，不知道下面這些能不能實現(xiàn)這個目的： 1、既然有全基因組信息，那是不是可以通過基因注釋，排除大部分不相關(guān)基因； 2、提取降解過程中細(xì)菌的RNA，通過real-time考察是否有表達(dá)差異，選擇具有明顯表達(dá)差異的序列加上之前基因注釋的結(jié)果，排除不相關(guān)序列； 3、剩余序列信息，再通過常規(guī)克隆篩選到相應(yīng)目的基因序列信息 以上僅為個人拙見，也希望有大神指點。謝謝 |
2樓2014-05-13 13:17:18
Neo2000
木蟲 (著名寫手)
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3樓2014-05-13 15:10:29
zzyzeus
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- 專業(yè): 系統(tǒng)生物學(xué)
4樓2014-05-13 20:37:07
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